Cilopatije

Redovno ažuriranje

Izbor gena se redovno prilagođava aktuelnim naučnim saznanjima.

Fleksibilnost

Uz ExomeXtra® moguće je kombinovati genske setove koji pokrivaju različite bolesti.

Detaljan medicinski nalaz

Uključuje ACMG kriterije korištene za klasifikaciju varijanti.

Najviši kvalitet

Svi koraci analize izvode se u vlastitoj laboratoriji.

Brz rok izrade

Tipično 3–4 sedmice nakon prijema uzorka.

Sigurnost

Najviši standardi povjerljivosti i kvaliteta.

Pouzdanost

Pouzdana podrška kroz sve korake procesa.

Razumljivost

Jasno i pregledno pripremljen medicinski nalaz.

Moguće je naručiti jedan ili više predefiniranih genskih setova. Pored kompletne analize gena naručenog seta, analizu proširujemo dodatnim genima za diferencijalnu dijagnozu. Za primarno naručeni set prijavljujemo varijante nepoznatog značaja (ACMG klasa 3) te patogene i vjerovatno patogene varijante (ACMG klase 4 i 5). Za gene uključene zbog diferencijalne dijagnoze izvještavanje je ograničeno na patogene i vjerovatno patogene varijante (klase 4 i 5) koje mogu biti povezane s indikacijom pacijenta.

Budući da je panel zasnovan na ExomeXtra® obogaćivanju, bez dodatnog sekvenciranja mogu se naručiti i fenotipski relevantni genski setovi iz drugih panela ili pojedinačni geni; na zahtjev je moguće sastaviti i individualni panel. Uz primarnu dijagnostičku narudžbu moguće je zatražiti i analizu ACMG gena te farmakogenetsko profiliranje.

Primarna cilijarna diskinezija (CIL01, 48 gena)

CCDC103, CCDC39, CCDC40, CCDC65, CCNO, CFAP298, CFAP300, CLXN, DNAAF1, DNAAF11, DNAAF2, DNAAF3, DNAAF4, DNAAF5, DNAAF6, DNAH1, DNAH11, DNAH5, DNAH9, DNAI1, DNAI2, DNAJB13, DNAL1, DRC1, FOXJ1, GAS2L2, GAS8, HYDIN, LRRC56, MCIDAS, NEK10, NME5, ODAD1, ODAD2, ODAD3, ODAD4, OFD1, RPGR, RSPH1, RSPH3, RSPH4A, RSPH9, SPAG1, SPEF2, TP73, TTC12, WFDC2, ZMYND10

Joubert sindrom (CIL02)

Analizira se u okviru panela za epilepsiju i poremećaje razvoja mozga, podpanel BRN07.

Bardet-Biedl sindrom (CIL03, 23 gena)

ALMS1, ARL6, BBS1, BBS10, BBS12, BBS2, BBS4, BBS5, BBS7, BBS9, CEP164, CEP290, CFAP418, IFT140, IFT172, IFT27, IFT74, LZTFL1, MKKS, MKS1, SDCCAG8, TTC8, WDPCP

Senior-Loken sindrom (CIL04, 8 gena)

CEP164, CEP290, IQCB1, NPHP1, NPHP4, SDCCAG8, TRAF3IP1, WDR19

Orofaciodigitalni sindrom (CIL05, 10 gena)

C2CD3, CPLANE1, DDX59, INTU, OFD1, RAB34, SCNM1, TCTN3, TMEM107, ZRSR2

ALMS1, ARL6, BBS1, BBS10, BBS12, BBS2, BBS4, BBS5, BBS7, BBS9, C2CD3, CCDC103, CCDC39, CCDC40, CCDC65, CCNO, CEP164, CEP290, CFAP298, CFAP300, CFAP418, CLXN, CPLANE1, DDX59, DNAAF1, DNAAF11, DNAAF2, DNAAF3, DNAAF4, DNAAF5, DNAAF6, DNAH1, DNAH11, DNAH5, DNAH9, DNAI1, DNAI2, DNAJB13, DNAL1, DRC1, FOXJ1, GAS2L2, GAS8, HYDIN, IFT140, IFT172, IFT27, IFT74, INTU, IQCB1, LRRC56, LZTFL1, MCIDAS, MKKS, MKS1, NEK10, NME5, NPHP1, NPHP4, ODAD1, ODAD2, ODAD3, ODAD4, OFD1, RAB34, RPGR, RSPH1, RSPH3, RSPH4A, RSPH9, SCNM1, SDCCAG8, SPAG1, SPEF2, TCTN3, TMEM107, TP73, TRAF3IP1, TTC12, TTC8, WDPCP, WDR19, WFDC2, ZMYND10, ZRSR2

Obogaćivanje kodirajućih i susjednih intronskih regija vrši se tehnologijom hibridizacije u otopini. Selekcija ciljanih regija i dizajn sondi izvode se interno. Sekvenciranje visokog protoka izvodi se na Illumina platformama, a bioinformatička obrada podataka na vlastitom računarskom klasteru. Nakon obrade podataka, tim naučnika i specijalista humane genetike analizira rezultate i izdaje medicinski nalaz.

1.

Savjetovanje i odabir testa

Zajedno s vama i vašim ljekarom određujemo koji je genski set ili kombinacija setova najprikladnija za kliničku sliku.

2.

Uzorkovanje i slanje

Uzorak se uzima u našoj ustanovi ili kod uputnog ljekara i sigurno transportuje do laboratorije.

3.

Analiza uzorka

ExomeXtra® obogaćivanje, sekvenciranje visokog protoka i bioinformatička obrada uz detekciju CNV-a.

4.

Nalaz i savjetovanje

Detaljan medicinski nalaz s ACMG klasifikacijom varijanti i preporukama, uz mogućnost konsultacije.

• 1–2 ml EDTA krvi (preporučeni tip uzorka)
• Genomska DNK (1–2 µg)
• DBS kartice, bris obraza ili pljuvačka također su mogući

• HLA tipizacija — HLA klasa I (geni A, B, C) i HLA klasa II (geni DPA1, DPB1, DQA1, DQB1, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5)
• Analiza ACMG gena — izvještavanje o patogenim varijantama (klase 4 i 5) u odabranim genima za koje postoji preporučeni postupak liječenja ili praćenja (sekundarni nalazi)
• Farmakogenetska analiza (PGx) — analiza poznatih varijanti u genima uključenim u metabolizam lijekova, radi prilagođavanja terapije i smanjenja nuspojava

Kome je namijenjen panel za cilopatije?

Panel je namijenjen pacijentima sa sumnjom na cilopatiju — npr. primarnu cilijarnu diskineziju (hronične respiratorne infekcije, bronhiektazije, situs inversus, smanjena plodnost), Bardet-Biedl sindrom, Senior-Loken sindrom, Joubert sindrom ili orofaciodigitalni sindrom — te članovima porodice osoba s poznatom patogenom varijantom.

Koliko traje izrada nalaza?

Nalaz se tipično izdaje 3–4 sedmice nakon prijema uzorka u laboratoriji.

Koliko gena obuhvata panel?

Panel obuhvata 85 gena povezanih s cilopatijama, a moguće je naručiti pojedinačne genske setove (CIL01–CIL05) ili kombinaciju setova iz drugih panela bez dodatnog sekvenciranja.

Šta znači varijanta nejasnog značaja (VUS)?

VUS je varijanta za koju trenutno nema dovoljno dokaza da bi se klasificirala kao patogena ili benigna. Prijavljuje se za primarno naručeni genski set, a kako naučna saznanja napreduju, klasifikacija se može promijeniti — zato je preporučljiva konsultacija i eventualna ponovna evaluacija nalaza.