Neurodegenerativne bolesti

Dodatno nudimo analizu repeat ekspanzija u genu FGF14, ključnu za dijagnozu spinocerebelarne ataksije tip 27B (SCA27B), te analizu RFC1 ekspanzija za sindrom cerebelarne ataksije, neuropatije i vestibularne arefleksije (CANVAS). Patogene ekspanzije u ovim genima imaju složeniju strukturu od ostalih, pa se analiziraju posebno razvijenim in-house metodama — samostalno ili kao dio postupnog dijagnostičkog pristupa uz panel za neurodegenerativne bolesti.

Za pojedine genske setove repeat analize se izvode kao analiza prvog reda (first-tier): HTT i JPH3 kod horeatskih poremećaja pokreta, C9ORF72 kod demencije i ALS-a, te FXN i SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7 i SCA17 kod ataksija. Napomena: RFC1 repeat analiza moguća je isključivo iz EDTA krvi ili DNK izolovane iz EDTA krvi.

Redovna ažuriranja

Izbor gena kontinuirano se prilagođava aktuelnim naučnim saznanjima.

Fleksibilnost

Uz ExomeXtra® moguće je kombinovati genske setove za različite bolesti bez dodatnog sekvenciranja.

Sveobuhvatan medicinski nalaz

Uključuje ACMG kriterije korištene za klasifikaciju varijanti.

Najviši kvalitet

Svi koraci analize izvode se u vlastitoj laboratoriji.

Brzo vrijeme obrade

Tipično 3–4 sedmice od prijema uzorka.

Sigurnost

Najviši standardi povjerljivosti i kvaliteta.

Pouzdanost

Pouzdana podrška kroz sve korake procesa.

Razumljivost

Jasno i pregledno pripremljen medicinski nalaz.

Moguće je naručiti jedan ili više unaprijed definisanih genskih setova. Pored kompletne analize gena iz naručenog seta, analizu proširujemo dodatnim genima za diferencijalnu dijagnostiku. Za primarno naručeni set prijavljujemo varijante nepoznatog značaja (ACMG klasa 3) te patogene i vjerovatno patogene varijante (ACMG klase 4 i 5). Za gene uključene zbog diferencijalne dijagnostike prijavljivanje je ograničeno na patogene i vjerovatno patogene varijante (klase 4 i 5) koje se mogu povezati s indikacijom pacijenta.

Budući da je panel zasnovan na ExomeXtra® obogaćivanju, bez dodatnog sekvenciranja mogu se naručiti i fenotipski relevantni genski setovi iz drugih panela ili pojedinačni geni. Uz primarnu dijagnostičku indikaciju moguće je naručiti i procjenu ACMG gena te farmakogenetsko profiliranje.

Parkinsonova bolest (NDD05, 42 gena)

ATP13A2, ATP1A3, ATP7B, C19orf12, CHCHD2, COASY, DDC, DNAJC12, DNAJC6, FBXO7, FTL, GBA1, GCH1, GRN, LRRK2, MAPT, PANK2, PARK7, PINK1, PLA2G6, PRKN, PRKRA, PTPA, PTRHD1, PTS, RAB32, RAB39B, SLC18A2, SLC30A10, SLC39A14, SLC6A3, SNCA, SPG11, SPR, SYNJ1, TAF1, TH, VPS13C, VPS35, WARS2, WDR45, ZFYVE26

Parkinsonova bolest, kasni početak (NDD01, 6 gena)

CHCHD2, GBA1, LRRK2, RAB32, SNCA, VPS35

Parkinsonova bolest, rani početak (NDD02, 13 gena)

ATP13A2, DNAJC6, FBXO7, PARK7, PINK1, PLA2G6, PRKN, PTPA, RAB39B, SPG11, SYNJ1, VPS13C, ZFYVE26

Atipični nasljedni Parkinson sindromi (NDD03, 25 gena)

ATP1A3, ATP7B, C19orf12, COASY, DDC, DNAJC12, FTL, GBA1, GCH1, GRN, MAPT, PANK2, PRKRA, PTRHD1, PTS, SLC18A2, SLC30A10, SLC39A14, SLC6A3, SPR, TAF1, TH, WARS2, WDR45, ZFYVE26

Esencijalni tremor (NDD31, 3 gena)

DRD3, FUS, TENM4

Distonija (NDD10, 69 gena)

ADAR, ADCY5, ANO3, AOPEP, ATM, ATP13A2, ATP1A2, ATP1A3, ATP5MC3, ATP7B, C19orf12, CAMK4, COASY, COL6A3, CP, DDC, DLAT, DNAJC12, DRD2, ECHS1, EIF2AK2, FA2H, FASTKD2, FTH1, FTL, GAMT, GCDH, GCH1, GNAL, GNAO1, HPCA, IRF2BPL, KCNMA1, KCTD17, KMT2B, MECR, NKX2-1, NUP54, OPTN, PANK2, PDE10A, PDE2A, PDHA1, PDHX, PLA2G6, PRKN, PRKRA, PRRT2, PTS, SGCE, SLC18A2, SLC2A1, SLC30A10, SLC39A14, SLC6A3, SPR, TAF1, TH, THAP1, TMEM151A, TOR1A, TSPOAP1, TUBB4A, VAC14, VPS13A, VPS16, WARS2, XK, YY1

Primarna torziona distonija (NDD06, 9 gena)

ANO3, COL6A3, GNAL, HPCA, SGCE, THAP1, TOR1A, TUBB4A, VPS16

Distonija-plus sindrom (NDD07, 28 gena)

ADCY5, AOPEP, ATM, ATP13A2, ATP1A3, ATP7B, DDC, DRD2, GCH1, GNAO1, IRF2BPL, KCTD17, KMT2B, MECR, NR4A2, PINK1, PRKN, PRKRA, SGCE, SLC18A2, SLC30A10, SLC39A14, SPR, TAF1, TH, TUBB4A, VPS16, WARS2

Paroksizmalni poremećaji pokreta (NDD08, 18 gena)

ADCY5, ATP1A2, ATP1A3, ATP7B, DLAT, ECHS1, GCH1, KCNJ10, KCNMA1, MECR, PDE10A, PDHA1, PDHX, PNKD, PRRT2, RHOBTB2, SLC2A1, TMEM151A

Horeatski poremećaji pokreta (NDD13, 25 gena)

ADCY5, ATM, ATP1A3, ATP7B, CAMK4, CP, DRD2, DRD3, FUS, GNAO1, MECR, NKX2-1, NUP54, OPA3, PDE10A, PDE2A, PDHA1, PRNP, PRRT2, RNF216, TENM4, VAMP2, VPS13A, VPS16, XK — HTT i JPH3 repeat analize izvode se kao analiza prvog reda.

Demencija (NDD17, 23 gena)

APP, CCNF, CHCHD10, CHMP2B, CSF1R, DCTN1, FUS, GRN, ITM2B, MAPT, NOTCH3, OPTN, PRNP, PSEN1, PSEN2, SNCA, SQSTM1, TARDBP, TBK1, TREM2, UBQLN2, VCP, APOE-genotipizacija — C9ORF72 repeat analiza izvodi se kao analiza prvog reda.

Nasljedna ataksija (NDD14, 122 gena)

ABCB7, ABHD12, ADCY5, AFG3L2, ANO10, APTX, ATCAY, ATG7, ATM, ATP1A3, ATP8A2, CA8, CACNA1A, CACNA1G, CAMTA1, CAPRIN1, CLCN2, CLN6, COA7, COQ8A, CP, CTBP1, CWF19L1, CYP27A1, DARS2, DLAT, DNAJC5, DNMT1, EIF2B1, EIF2B2, EIF2B3, EIF2B4, EIF2B5, ELOVL4, ELOVL5, EPM2A, EXOSC5, FAT2, FGF14, FLVCR1, FTH1, FXN, GDAP2, GFAP, GLS, GOSR2, GRID2, GRIK2, GRM1, HEXA, HEXB, ITPR1, KCNA1, KCNC3, KCND3, KCNJ10, KCNN2, KIF1C, LAMA1, MARS2, MRE11, NHLRC1, NKX6-2, NPC1, NPC2, NPTX1, PDHA1, PDYN, PIK3R5, PITRM1, PLA2G6, PMPCA, PNKP, PNPLA6, POLG, POLR3A, POU4F1, PRDX3, PRICKLE1, PRKCG, PTPN1, PUM1, RFC1, RNF170, RNF216, RORA, RUBCN, SACS, SCN2A, SCN8A, SCYL1, SETX, SIL1, SLC1A3, SLC2A1, SLC52A2, SLC52A3, SLC9A1, SNX14, SPG7, SPTBN2, SQSTM1, STUB1, SYNE1, TDP2, TGM6, THG1L, TMEM240, TPP1, TTBK2, TTPA, TUBA4A, TUBB4A, TWNK, UNC13A, VAMP1, VLDLR, VPS13D, VPS41, WDR81, WWOX, XRCC1 — SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7, SCA17 i FXN repeat analize izvode se kao analiza prvog reda.

Epizodična ataksija (NDD30, 8 gena)

ATP1A3, CACNA1A, KCNA1, PRRT2, SCN2A, SLC1A3, SLC2A1, TMEM151A

Spinocerebelarna ataksija, autosomno dominantna (NDD25, 22 gena)

AFG3L2, CACNA1A, CACNA1G, CAPRIN1, ELOVL4, ELOVL5, FAT2, FGF14, GRM1, ITPR1, KCNC3, KCND3, NPTX1, PDYN, PRKCG, PTPN1, PUM1, SPTBN2, STUB1, TGM6, TMEM240, TTBK2 — SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7 i SCA17 repeat analize izvode se kao analiza prvog reda.

Cerebelarna ataksija, autosomno recesivna, nesindromska (NDD26, 32 gena)

ANO10, APTX, ATG7, ATM, CA8, COA7, COQ8A, CWF19L1, EXOSC5, GDAP2, GRID2, GRM1, PITRM1, PMPCA, PRDX3, RUBCN, SCYL1, SETX, SLC9A1, SNX14, SPTBN2, STUB1, SYNE1, TDP2, THG1L, TPP1, TTPA, TWNK, VPS13D, VPS41, WWOX, XRCC1 — FXN repeat analiza izvodi se kao analiza prvog reda.

Nasljedna spastična paraplegija (HSP) (NDD20, 76 gena)

ABCD1, ABHD16A, AFG3L2, AIMP1, ALDH18A1, ALS2, AMFR, AP4B1, AP4E1, AP4M1, AP4S1, AP5Z1, ARG1, ATL1, ATP13A2, B4GALNT1, BSCL2, CAPN1, CYP2U1, CYP7B1, DDHD1, DDHD2, DSTYK, ENTPD1, ERLIN1, ERLIN2, FA2H, FARS2, FICD, GALC, GBA2, HACE1, HPDL, HSPD1, KIDINS220, KIF1A, KIF1C, KIF5A, KLC2, KPNA3, L1CAM, MAG, MARS1, MTRFR, NFU1, NIPA1, NKX6-2, NT5C2, PCYT2, PLP1, PNPLA6, REEP1, REEP2, RNASEH2B, RNF170, RTN2, SACS, SELENOI, SLC16A2, SLC33A1, SPART, SPAST, SPG11, SPG21, SPG7, SPTAN1, SPTSSA, TFG, TMEM63C, TUBB4A, UBAP1, UCHL1, VPS37A, WASHC5, WDR45, ZFYVE26

Amiotrofična lateralna skleroza (ALS) (NDD18, 32 gena)

ALS2, ANG, ANXA11, CCNF, CHCHD10, CHMP2B, DCTN1, ERBB4, FIG4, FUS, GLT8D1, HNRNPA1, KIF5A, MATR3, NEFH, NEK1, OPTN, PFN1, PRPH, SETX, SIGMAR1, SOD1, SPG11, SPTLC1, SQSTM1, TARDBP, TBK1, TIA1, TUBA4A, UBQLN2, VAPB, VCP — C9ORF72 repeat analiza izvodi se kao analiza prvog reda.

Neurodegeneracija s nakupljanjem željeza u mozgu (NBIA) (NDD11, 15 gena)

AP1S2, ATP13A2, ATP7B, C19orf12, COASY, CP, DCAF17, FA2H, FTH1, FTL, PANK2, PLA2G6, SLC30A10, SLC39A14, WDR45

Intracerebralne kalcifikacije (NDD24, 30 gena)

ADAR, AP1S2, CMPK2, COL4A1, CTC1, CYP2U1, FARSA, FARSB, IFIH1, JAM2, JAM3, MYORG, NAA60, NRROS, PDGFB, PDGFRB, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RNASET2, RNU7-1, SAMHD1, SLC20A2, SNORD118, STN1, TINF2, TREM2, TREX1, TYROBP, XPR1

Neuronalna ceroidna lipofuscinoza (NDD21, 12 gena)

CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CTSD, CTSF, DNAJC5, GRN, KCTD7, MFSD8, PPT1, TPP1

Cerebralna bolest malih krvnih žila (NDD23, 17 gena)

APP, ARHGEF15, ATP1A2, CCM2, COL3A1, COL4A1, COL4A2, COLGALT1, ESAM, FOXC1, GLA, HTRA1, KRIT1, NIT1, NOTCH3, PDCD10, TREX1

Obogaćivanje kodirajućih regija i susjednih intronskih regija izvodi se in-solution hibridizacijskom tehnologijom, uz vlastiti odabir ciljanih regija i dizajn proba. Sekvenciranje visoke propusnosti obavlja se na Illumina platformama, a bioinformatička obrada podataka na internom računarskom klasteru. Nakon obrade podataka, tim naučnika i specijalista humane genetike analizira rezultate i izdaje medicinski nalaz.

Savjetovanje i odabir testa

Zajedno s ljekarom određujemo najprikladniji genski set prema kliničkoj slici i porodičnoj anamnezi.

Uzorkovanje i transport

Uzorak se uzima i sigurno transportuje u laboratoriju uz odgovarajuću dokumentaciju.

Analiza uzorka

Provodi se ExomeXtra® obogaćivanje, sekvenciranje i bioinformatička obrada, uz repeat analize kada su indicirane.

Nalaz i savjetovanje

Izdaje se jasan medicinski nalaz s klasifikacijom varijanti po ACMG kriterijima i preporukama za daljnje postupanje.

• 1–2 ml EDTA krvi (preporučeni tip uzorka)
• Genomska DNK (1–2 µg)
• Moguće su i DBS kartice, bukalni brisevi ili pljuvačka (napomena: RFC1 repeat analiza moguća je samo iz EDTA krvi)

• HLA tipizacija (HLA01) — HLA klasa I (geni A, B, C) i klasa II (DPA1, DPB1, DQA1, DQB1, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5)
• ACMG geni — prijavljivanje sekundarnih nalaza ograničeno na patogene varijante (klase 4 i 5) u odabranim genima za koje postoji dostupna terapija ili preventivna mjera
• Farmakogenetsko profiliranje — procjena metabolizma lijekova na osnovu genetskog profila

Kontaktirajte nas za više informacija o dijagnostičkom panelu za neurodegenerativne bolesti ili zakažite konsultaciju s našim stručnim timom.