Skeletni poremećaji

Redovno ažuriranje

Izbor gena se redovno prilagođava aktuelnim naučnim saznanjima.

Fleksibilnost

Uz ExomeXtra® moguće je kombinovati genske setove koji pokrivaju različite bolesti.

Detaljan medicinski nalaz

Uključuje ACMG kriterije korištene za klasifikaciju varijanti.

Najviši kvalitet

Svi koraci analize izvode se u vlastitoj laboratoriji.

Brz rok izrade

Tipično 3–4 sedmice nakon prijema uzorka.

Sigurnost

Najviši standardi povjerljivosti i kvaliteta.

Pouzdanost

Pouzdana podrška kroz sve korake procesa.

Razumljivost

Jasno i pregledno pripremljen medicinski nalaz.

Moguće je naručiti jedan ili više predefiniranih genskih setova. Pored kompletne analize gena naručenog seta, analizu proširujemo dodatnim genima relevantnim za diferencijalnu dijagnozu. Za primarno naručeni set prijavljujemo varijante nepoznatog značaja (ACMG klasa 3), kao i vjerovatno patogene i patogene varijante (klase 4 i 5), dok se za dodatne gene prijavljuju samo varijante klase 4 i 5 povezane s indikacijom.

Budući da je panel zasnovan na ExomeXtra® obogaćivanju, bez dodatnog sekvenciranja mogu se naručiti i fenotipski relevantni genski setovi iz drugih panela ili pojedinačni geni; na zahtjev je moguće sastaviti i individualni panel. Uz primarnu dijagnostičku narudžbu opcionalno se mogu naručiti HLA tipizacija, analiza ACMG gena i farmakogenetsko profiliranje.

Skeletna displazija: metafizealna i epifizealna displazija sa i bez zahvaćanja kičme (SKT01, 81 gen)

• ACAN
• ACP5
• AIFM1
• ANKH
• B3GALT6
• B3GAT3
• B4GALT7
• BGN
• BPNT2
• CANT1
• CCN6
• CDKN1C
• CFAP410
• CHST3
• COL10A1
• COL11A1
• COL11A2
• COL2A1
• COL27A1
• COL9A1
• COL9A2
• COL9A3
• COMP
• CSGALNACT1
• DDR2
• DDRGK1
• DNAJC21
• DYM
• EFL1
• EIF2AK3
• ERI1
• EXOC6B
• EXTL3
• FGFR3
• FLNB
• FN1
• GPX4
• GZF1
• HSPA9
• HSPG2
• IARS2
• INPPL1
• KIF22
• LBR
• LONP1
• LTBP3
• MATN3
• MBTPS1
• MMP13
• MMP9
• NANS
• NEPRO
• NKX3-2
• NPR2
• PAPSS2
• PCYT1A
• PISD
• POLE
• POP1
• PTH1R
• RAB33B
• RMRP
• RNU4ATAC
• RPL13
• RSPRY1
• RUNX2
• SBDS
• SFRP4
• SLC10A7
• SLC26A2
• SLC39A13
• SMARCAL1
• SRP54
• TMEM165
• TONSL
• TRAPPC2
• TRIP11
• TRPS1
• TRPV4
• UFSP2
• XYLT1*

Najširi set panela, namijenjen displazijama s pretežnim zahvaćanjem metafiza i epifiza dugih kostiju, sa ili bez zahvaćanja kičme (spondiloepifizealne i spondilometafizealne displazije). Napomena: * bez analize repeticija.

Mikromelična displazija: akromelična, akromezomelična, mezomelična i rizo-mezomelična displazija (SKT04, 24 gena)

• ADAMTS10
• ADAMTS17
• ADAMTSL2
• BMPR1B
• DONSON
• DVL1
• DVL3
• FBN1
• FZD2
• GDF5
• GPC6
• IHH
• LBR
• LTBP3
• NPR2
• PDE4D
• PKDCC
• PRKAR1A
• PRKG2
• ROR2
• SHOX
• SMAD4
• TRPS1
• WNT5A

Set za disproporcionalni nizak rast sa skraćenjem pojedinih segmenata ekstremiteta — uključuje Léri-Weillovu dyschondrosteozu (SHOX), Robinowljev sindrom, geleofizičnu i akromikričnu displaziju te trihorinofalangealni sindrom.

Displazija kratkih rebara (SKT05, 24 gena)

• CEP120
• CFAP410
• CSPP1
• DYNC2H1
• DYNC2I1
• DYNC2I2
• DYNC2LI1
• DYNLT2B
• EVC
• EVC2
• IFT122
• IFT140
• IFT172
• IFT43
• IFT52
• IFT80
• IFT81
• INTU
• KIAA0586
• KIAA0753
• NEK1
• TTC21B
• WDR19
• WDR35

Ciliopatije skeleta s uskim toraksom i kratkim rebrima: asfiksirajuća torakalna distrofija (Jeuneov sindrom), Ellis-van Creveldov sindrom te srodni sindromi kratkih rebara s polidaktilijom.

Chondrodysplasia punctata (SKT06, 8 gena)

• AGPS
• ARSL
• EBP
• GNPAT
• LBR
• MGP
• NSDHL
• PEX7

Grupa poremećaja s tačkastim kalcifikacijama u epifizama u ranom djetinjstvu, uključujući rizomelični tip (peroksisomalni poremećaji) i X-vezane oblike (Conradi-Hünermann).

Osteogenesis imperfecta i srodne displazije sa smanjenom gustinom kosti (SKT07, 37 gena)

• ALPL
• ANO5
• B3GALT6
• B4GALT7
• BMP1
• COL1A1
• COL1A2
• CREB3L1
• CRTAP
• FKBP10
• GORAB
• IFITM5
• KDELR2
• LRP5
• MESD
• P3H1
• P4HB
• PLOD2
• PLS3
• PPIB
• SEC24D
• SERPINF1
• SERPINH1
• SGMS2
• SP7
• SPARC
• TENT5A
• TMEM38B
• TNFRSF11B
• WNT1

Bolest krhkih kostiju i srodne osteoporotične displazije: ponavljajući prelomi uz minimalnu traumu, plave sklere, deformiteti kostiju i dentinogenesis imperfecta. Genetska dijagnoza usmjerava terapiju bisfosfonatima i procjenu rizika u porodici.

Osteopetroza i srodne displazije s povećanom gustinom kosti (SKT08, 31 gen)

• AMER1
• ANKH
• CA2
• CLCN7
• CSF1R
• CTSK
• DLX3
• FAM20C
• FERMT3
• GJA1
• HPGD
• LEMD3
• LRP4
• LRP5
• LRRK1
• OSTM1
• PLEKHM1
• PTDSS1
• SFRP4
• SLC29A3
• SLCO2A1
• SNX10
• SOST
• SQSTM1
• TBXAS1
• TCIRG1
• TGFB1
• TNFRSF11A
• TNFRSF11B
• TNFSF11
• ZNF687

Poremećaji s patološki povećanom gustinom kosti: maligna infantilna i benigna osteopetroza, piknodizostoza, skleroosteoza, van Buchemova bolest i Pagetova bolest kosti ranog početka.

Hipofosfatemijski rahitis i srodne displazije s abnormalnom mineralizacijom (SKT09, 20 gena)

• ALPL
• ANKH
• AP2S1
• CASR
• CLCN5
• CYP27B1
• CYP2R1
• CYP3A4
• DMP1
• ENPP1
• FAM20C
• FGF23
• OCRL
• PHEX
• PTH1R
• SLC2A2
• SLC34A1
• SLC34A3
• TRPV6
• VDR

Nasljedni oblici rahitisa i poremećaja mineralizacije: X-vezani hipofosfatemijski rahitis (PHEX), rahitis ovisan o vitaminu D, hipofosfatazija i tubulopatije s gubitkom fosfata. Dijagnoza je ključna jer postoje ciljane terapije.

Malformacije ekstremiteta: brahidaktilija, redukcijski defekti, sinostoze, ektrodaktilija, polidaktilija, sindaktilija i odabrani genetski sindromi (SKT10, 73 gena)

• ARHGAP31
• BHLHA9
• BMP2
• BMPR1B
• CCNQ
• CDH3
• CHSY1
• CKAP2L
• DHODH
• DLL4
• DLX5
• DOCK6
• DONSON
• EFNB1
• EFTUD2
• EOGT
• ERI1
• ESCO2
• EVC2
• FGF10
• FGF9
• FGFR1
• FGFR2
• FGFR3
• FLNA
• FLNB
• GDF5
• GDF6
• GJA1
• GLI1
• GLI2
• GLI3
• GPC4
• HOXA13*
• HOXD13*
• IHH
• IQCE
• KIAA0825
• KIF7
• LMBR1
• LRP4
• MAP3K20
• MAP3K7
• MECOM
• MEGF8
• MYCN
• NOG
• NOTCH1
• PDE3A
• PDE4D
• PRKAR1A
• PTHLH
• RAB23
• RBM8A
• RBPJ
• RECQL4
• ROR2
• SALL1
• SALL4
• SF3B4
• SMO
• SMOC1
• TBX15
• TBX3
• TBX4
• TBX5
• TOP2B
• TP63
• TRPV4
• UBA2
• WNT10B
• WNT7A
• YY1AP1

Izolirane i sindromske malformacije šaka i stopala, uključujući Holt-Oramov sindrom, TAR sindrom, Townes-Brocksov sindrom, Okihiro/Duane-radijalni sindrom i EEC sindrom. Napomena: * bez analize repeticija.

Kraniosinostoza (SKT11, 40 gena)

• AHDC1
• ALPL
• ALX4
• ASXL1
• CDC45
• COLEC11
• CYP26B1
• EFNB1
• ERF
• FGF9
• FGFR1
• FGFR2
• FGFR3
• FREM1
• HNRNPK
• IFT122
• IFT140
• IFT43
• IHH
• IL11RA
• KAT6A
• MASP1
• MEGF8
• MSX2
• P4HB
• POR
• RAB23
• RECQL4
• RNU12
• RUNX2
• SCARF2
• SEC24D
• SKI
• SMAD6
• TCF12
• TFAP2B
• TWIST1
• WDR19
• WDR35
• ZIC1

Prerano srastanje lobanjskih šavova — izolirano ili u sklopu sindroma (Apert, Crouzon, Pfeiffer, Muenke, Saethre-Chotzen, Antley-Bixler). Genetski nalaz utiče na planiranje hirurškog zahvata i praćenje.

Kraniofacijalne i patelarne disostoze; disostoze s vertebralnim (i kostalnim) zahvaćanjem: Klippel-Feilov sindrom, Meier-Gorlinov sindrom i srodni poremećaji (SKT15, 50 gena)

• ABCC9
• ALX1
• ALX3
• ALX4
• BMPER
• CDC45
• CDC6
• CDK10
• CDT1
• DHODH
• DLL3
• DONSON
• EDN1
• EDNRA
• EFNB1
• EFTUD2
• EIF4A3*
• EVC2
• FOXI3
• GDF6
• GNAI3
• HES7
• KAT6B
• LFNG
• LMX1B
• MEOX1
• MESP2
• MNX1
• MYO18B
• ORC1
• ORC4
• ORC6
• PDE4D
• PLCB4
• POLR1A
• POLR1B
• POLR1C
• POLR1D
• PRKAR1A
• SF3B2
• SF3B4
• SNRPB
• SPECC1L
• TBX4
• TBX6
• TCOF1
• TMCO1
• TMEM53
• TWIST1
• TXNL4A

Poremećaji razvoja lica, patele i kičmenih pršljenova: Treacher Collinsov sindrom, mandibulofacijalna disostoza, nail-patella sindrom, spondilokostalna disostoza i segmentacijski defekti kičme. Napomena: * bez analize repeticija.

Ahondroplazija, hipohondroplazija i pseudoahondroplazija (SKT16, 2 gena)

FGFR3 (cijeli gen), COMP

Ciljani, brzi set za najčešće oblike disproporcionalnog niskog rasta. Potvrda dijagnoze ahondroplazije relevantna je i za pristup ciljanoj terapiji te za planiranje ortopedskog praćenja.

Kleidokranijalna displazija i srodni poremećaji (SKT17, 7 gena)

• CBFB
• FIG4
• LMNA
• MSX2
• RNU12
• RUNX2
• ZMPSTE24

Poremećaji s hipoplazijom ili aplazijom ključnih kostiju, odgođenim zatvaranjem fontanela i dentalnim anomalijama, uključujući oblike povezane s laminopatijama.

Multiple egzostoze (SKT18, 2 gena)

• EXT1
• EXT2

Nasljedne multiple osteohondrome (egzostoze) — benigne koštane izrasline uz metafize dugih kostiju, s rizikom deformiteta, kompresije susjednih struktura i rijetke maligne transformacije.

Napomena: lizosomalne bolesti nakupljanja sa skeletnim zahvaćanjem (SKT14)

Ovaj set zamijenjen je setom MET02 „Lizosomalne bolesti nakupljanja“ i naručuje se u okviru panela za metaboličke bolesti uključujući mitohondriopatije.

• ABCC9
• ACAN
• ACP5
• ADAMTS10
• ADAMTS17
• ADAMTSL2
• AFF3
• AGPS
• AHDC1
• AIFM1
• ALPL
• ALX1
• ALX3
• ALX4
• AMER1
• ANAPC1
• ANKH
• ANO5
• AP2S1
• ARHGAP31
• ARSL
• ASXL1
• AXIN1
• B3GALT6
• B3GAT3
• B4GALT7
• BGN
• BHLHA9
• BMP1
• BMP2
• BMPER
• BMPR1B
• BNIP1
• BPNT2
• CA2
• CANT1
• CASR
• CBFB
• CCDC134
• CCN6
• CCNQ
• CDC45
• CDC6
• CDH3
• CDK10
• CDKN1C
• CDT1
• CDX2
• CEP120
• CFAP410
• CHST11
• CHST3
• CHSY1
• CIBAR1
• CKAP2L
• CLCN5
• CLCN7
• COL10A1
• COL11A1
• COL11A2
• COL1A1
• COL1A2
• COL27A1
• COL2A1
• COL9A1
• COL9A2
• COL9A3
• COLEC11
• COMP
• COPB2
• CREB3L1
• CRTAP
• CSF1R
• CSGALNACT1
• CSPP1
• CTSK
• CYP26B1
• CYP26C1
• CYP27B1
• CYP2R1
• CYP3A4
• DDR2
• DDRGK1
• DHODH
• DLL3
• DLL4
• DLX3
• DLX5
• DLX6
• DMP1
• DNA2
• DNAJC21
• DOCK6
• DONSON
• DVL1
• DVL2
• DVL3
• DYM
• DYNC2H1
• DYNC2I1
• DYNC2I2
• DYNC2LI1
• DYNLT2B
• EBP
• EDN1
• EDNRA
• EFL1
• EFNB1
• EFTUD2
• EIF2AK3
• EIF4A3
• EMILIN1
• EN1
• ENPP1
• EOGT
• EPS15L1
• ERF
• ERI1
• ESCO2
• EVC
• EVC2
• EXOC6B
• EXT1
• EXT2
• EXTL3
• FAM20C
• FAT1
• FBLN1
• FBN1
• FERMT3
• FGF10
• FGF16
• FGF23
• FGF9
• FGFR1
• FGFR2
• FGFR3
• FIG4
• FKBP10
• FLNA
• FLNB
• FN1
• FOXI3
• FREM1
• FZD2
• GDF5
• GDF6
• GJA1
• GLI1
• GLI2
• GLI3
• GMNN
• GNAI3
• GNAS
• GNPAT
• GNPNAT1
• GPC4
• GPC6
• GPX4
• GSC
• GZF1
• HDAC4
• HES7
• HHAT
• HNRNPK
• HOXA11
• HOXA13
• HOXD13
• HPGD
• HS2ST1
• HSPA9
• HSPG2
• IARS2
• IFIH1
• IFITM5
• IFT122
• IFT140
• IFT172
• IFT43
• IFT52
• IFT80
• IFT81
• IHH
• IL11RA
• INPPL1
• INTU
• IQCE
• KAT6A
• KAT6B
• KDELR2
• KIAA0586
• KIAA0753
• KIAA0825
• KIF22
• KIF7
• LBR
• LEMD3
• LFNG
• LMBR1
• LMNA
• LMX1B
• LONP1
• LRP4
• LRP5
• LRRK1
• LTBP2
• LTBP3
• MAB21L2
• MAP3K20
• MAP3K7
• MASP1
• MATN3
• MAX
• MBTPS1
• MBTPS2
• MCM5
• MECOM
• MEGF8
• MEOX1
• MESD
• MESP2
• MGP
• MIR140
• MKKS
• MMP13
• MMP9
• MNX1
• MSX2
• MYCN
• MYO18B
• NANS
• NBAS
• NEK1
• NEPRO
• NFATC2
• NHERF1
• NKX3-2
• NMNAT1
• NOG
• NOTCH1
• NPR2
• NPR3
• NSDHL
• NXN
• OCRL
• ORC1
• ORC4
• ORC6
• OSTM1
• P3H1
• P4HB
• PAM16
• PAPSS2
• PAX3
• PCYT1A
• PDE3A
• PDE4D
• PEX5
• PEX7
• PGM3
• PHEX
• PHLDB1
• PISD
• PITX1
• PKDCC
• PLCB3
• PLCB4
• PLEKHM1
• PLOD2
• PLS3
• POLE
• POLR1A
• POLR1B
• POLR1C
• POLR1D
• POP1
• POR
• PPIB
• PRKAR1A
• PRKG2
• PTDSS1
• PTH1R
• PTHLH
• RAB23
• RAB33B
• RAB5IF
• RBM8A
• RBPJ
• RECQL4
• RINT1
• RIPPLY2
• RMRP
• RNU12
• RNU4ATAC
• ROR2
• RPL13
• RSPO2
• RSPRY1
• RUNX2
• SALL1
• SALL4
• SBDS
• SCARF2
• SEC24D
• SERPINF1
• SERPINH1
• SF3B2
• SF3B4
• SFRP4
• SGMS2
• SHH
• SHOX
• SIK3
• SIX2
• SKI
• SLC10A7
• SLC26A2
• SLC29A3
• SLC2A2
• SLC34A1
• SLC34A3
• SLC39A13
• SLC4A2
• SLCO2A1
• SMAD4
• SMAD6
• SMARCAL1
• SMO
• SMOC1
• SNRPB
• SNX10
• SOST
• SOX6
• SP7
• SPARC
• SPECC1L
• SQSTM1
• SRP54
• TAPT1
• TBX15
• TBX3
• TBX4
• TBX5
• TBX6
• TBXAS1
• TCF12
• TCIRG1
• TCOF1
• TENT5A
• TFAP2B
• TGFB1
• TMCO1
• TMEM165
• TMEM38B
• TMEM53
• TNFRSF11A
• TNFRSF11B
• TNFSF11
• TONSL
• TOP2B
• TP63
• TRAPPC2
• TRIP11
• TRPS1
• TRPV4
• TRPV6
• TTC21B
• TWIST1
• TXNL4A
• UBA2
• UFSP2
• USP9X
• VDR
• WDPCP
• WDR19
• WDR35
• WNT1
• WNT10B
• WNT3
• WNT5A
• WNT7A
• XYLT1
• XYLT2
• YY1AP1
• ZIC1
• ZMPSTE24
• ZNF687
• ZSWIM6

Obogaćivanje kodirajućih i susjednih intronskih regija vrši se tehnologijom hibridizacije u otopini. Selekcija ciljanih regija i dizajn sondi izvode se interno. Sekvenciranje se provodi na Illumina platformama, a bioinformatička obrada, detekcija CNV-a i medicinska interpretacija u potpunosti se rade u vlastitoj laboratoriji.

1.

Savjetovanje i odabir testa

Zajedno s vama i vašim ortopedom, pedijatrom ili genetičarem određujemo koji je genski set ili kombinacija setova najprikladnija za kliničku i radiološku sliku.

2.

Uzorkovanje i slanje

Uzorak se uzima u našoj ustanovi ili kod uputnog ljekara i sigurno transportuje do laboratorije.

3.

Analiza uzorka

ExomeXtra® obogaćivanje, sekvenciranje visokog protoka i bioinformatička obrada uz detekciju CNV-a na nivou cijelog genoma.

4.

Nalaz i savjetovanje

Detaljan medicinski nalaz s ACMG klasifikacijom varijanti i preporukama, uz mogućnost konsultacije.

• 1–2 ml EDTA krvi (preporučeni tip uzorka)
• Genomska DNK (1–2 µg)
• DBS kartice, bris obraza ili pljuvačka također su mogući

• HLA tipizacija (HLA01) — HLA klasa I (geni A, B, C) i HLA klasa II (geni DPA1, DPB1, DQA1, DQB1, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5)
• Analiza ACMG gena — izvještavanje o patogenim varijantama (klase 4 i 5) u odabranim genima za koje postoji preporučeni postupak liječenja ili praćenja (sekundarni nalazi)
• Farmakogenetska analiza (PGx) — analiza varijanti u 21 genu uključenom u metabolizam lijekova, radi prilagođavanja terapije i smanjenja nuspojava

Kome je namijenjen panel za skeletne poremećaje?

Panel je namijenjen djeci i odraslima sa sumnjom na nasljedni poremećaj skeleta — disproporcionalni nizak rast, ponavljajući prelomi, povećana ili smanjena gustina kosti, rahitis, kraniosinostoza, malformacije šaka i stopala ili radiološki nalaz displazije — te članovima porodice osoba s poznatom patogenom varijantom.

Koliko traje izrada nalaza?

Nalaz se tipično izdaje 3–4 sedmice nakon prijema uzorka u laboratoriji.

Koji uzorak je potreban?

Preporučeno je 1–2 ml EDTA krvi. Mogući su i izolirana genomska DNK (1–2 µg), DBS kartice, bris obraza ili pljuvačka.

Zamjenjuje li genetski test radiološku dijagnostiku?

Ne. Radiološka i klinička procjena ostaju osnova za sumnju i za odabir genskog seta; genetski nalaz potvrđuje dijagnozu, razlikuje klinički slične displazije i omogućava procjenu prognoze, ciljanu terapiju i savjetovanje porodice.

Mogu li se kombinovati različiti genski setovi?

Da. Budući da je panel zasnovan na ExomeXtra® obogaćivanju, bez dodatnog sekvenciranja mogu se naručiti dodatni genski setovi iz drugih panela ili pojedinačni geni. Na primjer, set SKT14 (lizosomalne bolesti nakupljanja) zamijenjen je setom MET02 u okviru panela za metaboličke bolesti.