Bolesti bubrega

• Redovno ažuriranje — izbor gena se redovno prilagođava aktuelnim naučnim saznanjima.
• Fleksibilnost — uz ExomeXtra® moguće je kombinovati genske setove koji pokrivaju različite bolesti.
• Detaljan medicinski nalaz — uključuje ACMG kriterije korištene za klasifikaciju varijanti.
• Najviši kvalitet — svi koraci analize izvode se u vlastitoj laboratoriji.
• Brz rok izrade — nalaz je tipično gotov 3–4 sedmice nakon prijema uzorka.

Moguće je naručiti jedan ili više predefiniranih genskih setova. Pored kompletne analize gena naručenog seta, analizu proširujemo dodatnim genima relevantnim za diferencijalnu dijagnozu. Za primarno naručeni set prijavljujemo varijante nepoznatog značaja (ACMG klasa 3), kao i vjerovatno patogene i patogene varijante (klase 4 i 5), dok se za dodatne gene prijavljuju samo varijante klase 4 i 5.

Budući da je panel zasnovan na ExomeXtra® obogaćivanju, bez dodatnog sekvenciranja mogu se naručiti i fenotipski relevantni genski setovi iz drugih panela ili pojedinačni geni; na zahtjev je moguće sastaviti i individualni panel. Uz primarnu dijagnostičku narudžbu opcionalno se mogu naručiti HLA tipizacija, analiza ACMG gena i farmakogenetsko profiliranje.

Nefronoftiza (KID01, 20 gena)

ADAMTS9, ANKS6, CEP164, CEP83, DCDC2, FAN1, GLIS2, IFT140, INVS, MAPKBP1, NEK8, NPHP1, NPHP3, NPHP4, SLC41A1, TMEM67, TTC21B, WDR19, XPNPEP3, ZNF423

Policistična bolest bubrega (KID02, 30 gena)

ALG5, ALG8, ALG9, ANKS6, APOA4, BICC1, COL4A1, CYS1, DNAJB11, DZIP1L, FLCN, GANAB, HNF1B, IFT140, LRP5, MUC1, NEK8, OFD1, PKD1, PKD2, PKHD1, PMM2, PRKCSH, REN, SEC61A1, TSC1, TSC2, TULP3, UMOD, VHL

Renalna tubularna disgeneza (KID03, 4 gena)

ACE, AGT, AGTR1, REN

Renalna displazija, renalna agenezija, CAKUT (KID04, 64 gena)

ACTG2, ANOS1, BICC1, BMP4, BNC2, CEP55, CHD7, CHRM3, CTU2, DACT1, DHCR7, DSTYK, EYA1, FGF20, FIBP, FOXC1, FRAS1, FREM1, FREM2, GATA3, GLI3, GPC3, GREB1L, GRIP1, HAAO, HNF1B, HOXA13, ITGA3, ITGA8, JAG1, KIF14, KMT2D, KYNU, LMOD1, LRIG2, LRP4, MYH11, MYL9, MYLK, MYOCD, NADSYN1, NEK8, NOTCH2, NPHP3, NRIP1, PAX2, PBX1, PPP1R12A, ROBO1, ROBO2, SALL1, SEC61A1, SHROOM4, SIX5, SLIT2, SOX17, TBX18, TBX6, TFAP2A, TNXB, TRAP1, WNT4, WNT5A, ZMYM2

Kongenitalni nefrotski sindrom (KID05, 63 gena)

ACTN4, ANLN, APOE, APOL1, ARHGDIA, AVIL, CD151, CD2AP, COL4A3, COL4A4, COL4A5, COQ2, COQ6, COQ8B, CRB2, CUBN, DAAM2, DGKE, EMP2, FAT1, FBXW7, FN1, FOXC2, GON7, INF2, ITGA3, ITGB4, KANK2, KIRREL1, LAGE3, LAMA5, LAMB2, LMX1B, MAGI2, MYH9, MYO1E, NOS1AP, NPHS1, NPHS2, NUP85, NUP93, NUP107, NUP133, NUP160, NUP205, OSGEP, PDSS2, PLCE1, PTPRO, SARS2, SEC61A1, SGPL1, SMARCAL1, TBC1D8B, TP53RK, TPRKB, TRPC6, TTC21B, WDR4, WDR73, WT1, XPO5, YRDC

Fokalna segmentna glomeruloskleroza (KID06, 33 gena)

ACTN4, ANLN, APOE, ARHGDIA, CD2AP, COL4A3, COL4A4, COL4A5, COQ2, COQ6, COQ8B, CRB2, FN1, FOXC2, INF2, LAMA5, LAMB2, LMX1B, MYO1E, NPHS1, NPHS2, NUP107, PAX2, PDSS2, PLCE1, PODXL, PTPRO, SMARCAL1, TRIM8, TRPC6, TTC21B, WT1, XPO5

Alportov sindrom (KID07, 6 gena)

CD151, COL4A3, COL4A4, COL4A5, COQ6, MYH9

C1q deficijencija (KID08, 3 gena)

C1QA, C1QB, C1QC

Renalna tubularna acidoza i Fanconijev renotubularni sindrom (KID09, 26 gena)

ATP6V0A4, ATP6V1B1, ATP6V1C2, CA2, CTNS, EHHADH, FAH, FOXI1, GATM, HNF4A, NDUFAF6, OCRL, SLC1A1, SLC2A2, SLC34A1, SLC36A2, SLC3A1, SLC4A1, SLC4A4, SLC6A19, SLC6A20, SLC7A7, SLC7A9, VIPAS39, VPS33B, WDR72

Hipomagnezemija, Bartterov i Gitelmanov sindrom (KID10, 28 gena)

AP2S1, ATP1A1, BSND, CASR, CLCNKA, CLCNKB, CLDN10, CLDN16, CLDN19, CNNM2, CTNS, EGF, FAM111A, FXYD2, GNA11, HNF1B, KCNA1, KCNJ1, KCNJ10, KCNJ16, MAGED2, PTH1R, RRAGD, SARS2, SLC12A1, SLC12A3, SLC26A3, TRPM6

Hipofosfatemijski rahitis (KID11, 18 gena)

ALPL, CLCN5, CTNS, CYP2R1, CYP3A4, CYP27B1, DMP1, ENPP1, FAH, FAM20C, FGF23, GNAS, NHERF1, OCRL, PHEX, SLC34A1, SLC34A3, VDR

Pseudohipoaldosteronizam (KID12, 9 gena)

CUL3, HSD11B2, KLHL3, NR3C2, SCNN1A, SCNN1B, SCNN1G, WNK1, WNK4

Nefrogeni dijabetes insipidus (KID13, 4 gena)

AQP2, AVP, AVPR2, SLC12A1

Hiperoksalurija (KID14, 4 gena)

AGXT, GRHPR, HOGA1, OXGR1

Atipični hemolitičko-uremijski sindrom i C3 glomerulopatija (KID15, 14 gena)

ADAMTS13, C1GALT1C1, C3, CD46, CFB, CFH, CFHR1, CFHR2, CFHR3, CFHR4, CFHR5, CFI, DGKE, THBD

Branhio-oto-renalni sindrom (KID17, 6 gena)

DACT1, EYA1, SALL1, SIX1, SIX5, TFAP2A

Meckelov sindrom (KID20, 15 gena)

B9D1, B9D2, CC2D2A, CEP290, CEP55, KIF14, MKS1, NPHP3, RPGRIP1L, TCTN2, TMEM67, TMEM107, TMEM216, TMEM231, TXNDC15

Nefrokalcinoza i nefrolitijaza (KID22, 35 gena)

ADCY10, AGXT, ALPL, AMMECR1, APRT, ATP6V0A4, ATP6V1B1, BSND, CA2, CASR, CLCN5, CLCNKA, CLCNKB, CLDN10, CLDN16, CLDN19, FAM20C, GRHPR, HNF4A, HOGA1, KCNJ1, MAGED2, NHERF1, OCRL, OXGR1, PHEX, RRAGD, SLC3A1, SLC4A1, SLC7A9, SLC12A1, SLC26A1, SLC34A3, VIPAS39, VPS33B

Sljedeći setovi povezani s bolestima bubrega naručuju se u okviru drugih dijagnostičkih panela, ali se mogu kombinovati s panelom za bolesti bubrega.

• Bardet-Biedlov sindrom (KID18) — naručuje se u okviru panela za cilopatije, podpanel CIL03.
• Joubertov sindrom (KID19) — naručuje se u okviru panela za epilepsiju i poremećaje razvoja mozga, podpanel BRN07.
• Senior-Lokenov sindrom (KID21) — naručuje se u okviru panela za cilopatije, podpanel CIL04.

Obogaćivanje kodirajućih i susjednih intronskih regija vrši se tehnologijom hibridizacije u otopini. Selekcija ciljanih regija i dizajn sondi izvode se interno. Sekvenciranje se provodi na Illumina platformama, a bioinformatička obrada, detekcija CNV-a i medicinska interpretacija u potpunosti se rade u specijaliziranoj laboratoriji.

1. Savjetovanje i odabir testa

Zajedno s vama i vašim nefrologom određujemo koji je genski set ili kombinacija setova najprikladnija za kliničku sliku.

2. Uzorkovanje i slanje

Uzorak se uzima kod uputnog ljekara ili u našoj ustanovi i sigurno transportuje do laboratorije.

3. Analiza uzorka

ExomeXtra® obogaćivanje, sekvenciranje visokog protoka i bioinformatička obrada uz detekciju CNV-a.

4. Nalaz i savjetovanje

Detaljan medicinski nalaz s ACMG klasifikacijom varijanti i preporukama, uz mogućnost konsultacije.

• 1–2 ml EDTA krvi (preporučeni tip uzorka)
• Genomska DNK (1–2 µg)
• DBS kartice, bris obraza ili pljuvačka također su mogući

• HLA tipizacija — HLA klasa I (geni A, B, C) i HLA klasa II (geni DPA1, DPB1, DQA1, DQB1, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5), korisna i u pripremi za transplantaciju bubrega
• Analiza ACMG gena — izvještavanje o patogenim varijantama (klase 4 i 5) u odabranim genima za koje postoji preporučeni postupak liječenja ili praćenja (sekundarni nalazi)
• Farmakogenetska analiza (PGx) — analiza varijanti u genima uključenim u metabolizam lijekova, radi prilagođavanja terapije i smanjenja nuspojava

Kome je namijenjen panel za bolesti bubrega?

Panel je namijenjen pacijentima sa sumnjom na nasljednu bolest bubrega — policističnu bolest bubrega, nefronoftizu, Alportov sindrom, kongenitalni nefrotski sindrom, fokalnu segmentnu glomerulosklerozu, tubulopatije (Bartter, Gitelman, renalna tubularna acidoza), nefrokalcinozu i nefrolitijazu te CAKUT malformacije.

Koliko traje izrada nalaza?

Nalaz je tipično gotov 3–4 sedmice nakon prijema uzorka u laboratoriji.

Koji uzorak je potreban?

Preporučuje se 1–2 ml EDTA krvi. Alternativno su prihvatljivi genomska DNK (1–2 µg), DBS kartice, bris obraza ili pljuvačka.

Zašto je genetska dijagnoza bolesti bubrega važna?

Precizna dijagnoza omogućava planiranje redovnih kontrola, prilagođavanje ishrane i odabir lijekova, procjenu rizika za članove porodice, a može biti relevantna i za terapijske odluke te pripremu i praćenje transplantacije bubrega.

Mogu li se setovi kombinovati s drugim panelima?

Da. Budući da je panel zasnovan na ExomeXtra® obogaćivanju, bez dodatnog sekvenciranja mogu se dodati fenotipski relevantni setovi iz drugih panela — npr. Bardet-Biedlov i Senior-Lokenov sindrom iz panela za cilopatije te Joubertov sindrom iz panela za epilepsiju i razvoj mozga.