Metaboličke bolesti uklj. mitohondriopatije

Redovno ažuriranje

Izbor gena se redovno prilagođava aktuelnim naučnim saznanjima.

Fleksibilnost

Uz ExomeXtra® moguće je kombinovati genske setove koji pokrivaju različite bolesti.

Detaljan medicinski nalaz

Uključuje ACMG kriterije korištene za klasifikaciju varijanti.

Najviši kvalitet

Svi koraci analize izvode se u vlastitoj laboratoriji.

Brz rok izrade

Tipično 3–4 sedmice nakon prijema uzorka.

Sigurnost

Najviši standardi povjerljivosti i kvaliteta.

Pouzdanost

Pouzdana podrška kroz sve korake procesa.

Razumljivost

Jasno i pregledno pripremljen medicinski nalaz.

Moguće je naručiti jedan ili više predefiniranih genskih setova. Pored kompletne analize gena naručenog seta, analizu proširujemo dodatnim genima za diferencijalnu dijagnozu. Za primarno naručeni set prijavljujemo varijante nepoznatog značaja (ACMG klasa 3) te patogene i vjerovatno patogene varijante (ACMG klase 4 i 5). Za gene uključene zbog diferencijalne dijagnoze izvještavanje je ograničeno na patogene i vjerovatno patogene varijante (klase 4 i 5) koje mogu biti povezane s indikacijom pacijenta.

Budući da je panel zasnovan na ExomeXtra® obogaćivanju, bez dodatnog sekvenciranja mogu se naručiti i fenotipski relevantni genski setovi iz drugih panela ili pojedinačni geni; na zahtjev je moguće sastaviti i individualni panel. Uz primarnu dijagnostičku narudžbu moguće je zatražiti i analizu ACMG gena te farmakogenetsko profiliranje.

CDG sindrom (kongenitalni poremećaji glikozilacije) (MET01, 69 gena)

ALG1, ALG11, ALG12, ALG13, ALG14, ALG2, ALG3, ALG6, ALG8, ALG9, ATP6AP1, ATP6AP2, ATP6V0A2, ATP6V1A, ATP6V1E1, B4GALT1, CAD, COG1, COG2, COG3, COG4, COG5, COG6, COG7, COG8, DDOST, DHDDS, DOLK, DPAGT1, DPM1, DPM2, DPM3, EDEM3, FCSK, FUT8, GALNT2, GFUS, GMPPA, MAGT1, MAN1B1, MAN2B2, MAN2C1, MGAT2, MOGS, MPDU1, MPI, NGLY1, NUS1, OSTC, PGM1, PGM3, PMM2, RFT1, SLC35A1, SLC35A2, SLC35A3, SLC35C1, SLC37A4, SLC39A8, SRD5A3, SSR3, SSR4, STT3A, STT3B, TMEM165, UGDH, UGP2, VMA12, VMA22

Lizosomalne bolesti nakupljanja (MET02, 55 gena)

AGA, ARSA, ARSB, ARSG, ASAH1, ATP13A2, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CTNS, CTSA, CTSD, CTSF, CTSK, DNAJC5, FUCA1, GAA, GALC, GALNS, GBA1, GLA, GLB1, GM2A, GNE, GNPTAB, GNPTG, GNS, GUSB, HEXA, HEXB, HGSNAT, HYAL1, IDS, IDUA, LAMP2, LIPA, MAN2B1, MANBA, MCOLN1, MFSD8, NAGA, NAGLU, NEU1, NPC1, NPC2, PPT1, PSAP, SGSH, SLC17A5, SMPD1, SUMF1, TPP1, VPS16, VPS33A

Zellwegerov spektar poremećaja (MET03, 13 gena)

PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6

Cerebralni nedostatak kreatina (MET04, 3 gena)

GAMT, GATM, SLC6A8

Poremećaji ciklusa uree / hiperamonemije (MET05, 10 gena)

ARG1, ASL, ASS1, CA5A, CPS1, GLUD1, NAGS, OTC, SLC25A13, SLC25A15

Glicinska encefalopatija / hiperglicinemija (MET06, 7 gena)

AMT, BOLA3, GCSH, GLDC, GLRX5, LIAS, SLC6A9

Bolest urina mirisa javorovog sirupa (MSUD) (MET08, 3 gena)

BCKDHA, BCKDHB, DBT

Izolovana metilmalonska acidemija (MET10, 5 gena)

MCEE, MMAA, MMAB, MMADHC, MMUT

Kongenitalni hiperinzulinizam (MET12, 11 gena)

ABCC8, GCK, GLUD1, HADH, HNF1A, HNF4A, INSR, KCNJ11, PMM2, SLC16A1, SLC25A36

Dijabetes mladih tipa MODY (MET13, 14 gena)

ABCC8, APPL1, BLK, CEL, GCK, HNF1A, HNF1B, HNF4A, INS, KCNJ11, KLF11, NEUROD1, PAX4, PDX1

Glikogenoze (bolesti nakupljanja glikogena) (MET14, 24 gena)

AGL, ALDOA, ALDOB, ENO3, FBP1, G6PC1, GAA, GBE1, GYG1, GYS1, GYS2, LAMP2, LDHA, PFKM, PGAM2, PHKA1, PHKA2, PHKB, PHKG2, PRKAG2, PYGL, PYGM, SLC2A2, SLC37A4

Poremećaji oksidacije masnih kiselina (MET15, 16 gena)

ACADM, ACADS, ACADVL, CPT1A, CPT2, ECHS1, ETFA, ETFB, ETFDH, HADH, HADHA, HADHB, HSD17B10, MLYCD, SLC22A5, SLC25A20

Nedostatak molibdenskog kofaktora (MET16, 6 gena)

GPHN, MOCOS, MOCS1, MOCS2, MOCS3, SUOX

Porfirija (MET18, 8 gena)

ALAD, ALAS2, CPOX, FECH, HMBS, PPOX, UROD, UROS

Dodatni peroksisomalni poremećaji (MET19, 23 gena)

ABCD1, ACBD5, ACOX1, AGK, AGPS, AGXT, AMACR, ARSL, CAT, DNM1L, DYM, EBP, FAR1, GNPAT, GRHPR, HOGA1, HSD17B4, NSDHL, PEX5, PEX7, PHYH, SCP2, TRIM37

Poremećaji intracelularnog metabolizma kobalamina (MET20, 17 gena)

ABCD4, AMN, CBLIF, CD320, CUBN, HCFC1, LMBRD1, MMAA, MMAB, MMACHC, MMADHC, MTR, MTRR, PRDX1, TCN2, THAP11, ZNF143

Mitohondrijski genom (mtDNK) (MIT01, 37 gena)

MT-ATP6, MT-ATP8, MT-CO1, MT-CO2, MT-CO3, MT-CYB, MT-ND1, MT-ND2, MT-ND3, MT ND4, MT-ND4L, MT-ND5, MT-ND6, MT-RNR1, MT-RNR2, MT-TA, MT-TC, MT-TD, MT-TE, MT TF, MT-TG, MT-TH, MT-TI, MT-TK, MT-TL1, MTTL2, MT-TM, MT-TN, MT-TP, MT-TQ, MT TR, MT-TS1, MT-TS2, MT-TT, MT-TV, MT-TW, MT-TY

Nuklearno kodirane mitohondrijske bolesti (MIT02, 262 gena)

AARS2, ABCB7, ACAD9, ACO2, AFG2A, AFG3L2, AGK, AIFM1, ANO10, APTX, ATAD3A, ATP5F1A, ATP5F1D, ATP5F1E, ATP5MC3, ATP5MK, ATP5PO, ATPAF2, BCS1L, BOLA3, BTD, C1QBP, C2orf69, CA5A, CARS2, CIAO1, CLPB, CLPP, COA3, COA5, COA6, COA7, COA8, COQ2, COQ4, COQ5, COQ6, COQ7, COQ8A, COQ8B, COQ9, COX10, COX11, COX14, COX15, COX16, COX20, COX4I1, COX5A, COX6A1, COX6A2, COX6B1, COX7B, COX8A, CRLS1, CYC1, DARS2, DGUOK, DLAT, DLD, DNA2, DNAJC19, DNAJC30, DNM1L, EARS2, ECHS1, ELAC2, ETFDH, ETHE1, FARS2, FASTKD2, FBXL4, FDX2, FDXR, FH, FLAD1, FOXRED1, GARS1, GATB, GATC, GCSH, GFER, GFM1, GFM2, GLRX5, GTPBP3, GUK1, HARS2, HCCS, HIBCH, HLCS, HSD17B10, HSPD1, HTRA2, IARS2, IBA57, ISCA1, ISCA2, ISCU, KARS1, LARS2, LETM1, LIAS, LIG3, LIPT1, LIPT2, LONP1, LRPPRC, LYRM4, LYRM7, MARS2, MDH2, MECR, MFF, MGME1, MICOS13, MICU1, MIPEP, MPC1, MPV17, MRM2, MRPL3, MRPL39, MRPL44, MRPL49, MRPS16, MRPS2, MRPS22, MRPS34, MSTO1, MTFMT, MTO1, MTRFR, NADK2, NARS2, NAXD, NAXE, NDUFA1, NDUFA10, NDUFA11, NDUFA12, NDUFA13, NDUFA2, NDUFA4, NDUFA6, NDUFA8, NDUFA9, NDUFAF1, NDUFAF2, NDUFAF3, NDUFAF4, NDUFAF5, NDUFAF6, NDUFAF8, NDUFB10, NDUFB11, NDUFB3, NDUFB8, NDUFC2, NDUFS1, NDUFS2, NDUFS3, NDUFS4, NDUFS6, NDUFS7, NDUFS8, NDUFV1, NDUFV2, NFS1, NFU1, NSUN3, NUBPL, OPA1, OPA3, OXCT1, PARS2, PC, PDHA1, PDHB, PDHX, PDP1, PDSS1, PDSS2, PET100, PMPCA, PMPCB, PNPLA8, PNPT1, POLG, POLG2, POLRMT, PPA2, PRORP, PTCD3, PUS1, QRSL1, RARS2, RMND1, RNASEH1, RRM1, RRM2B, RTN4IP1, SARS2, SCO1, SCO2, SDHA, SDHAF1, SDHB, SDHD, SERAC1, SFXN4, SLC19A2, SLC19A3, SLC25A1, SLC25A12, SLC25A19, SLC25A22, SLC25A26, SLC25A3, SLC25A38, SLC25A4, SLC25A42, SLC25A46, SPG7, SSBP1, SUCLA2, SUCLG1, SURF1, TACO1, TAFAZZIN, TAMM41, TARS2, TEFM, TFAM, TIMM22, TIMM50, TIMM8A, TIMMDC1, TK2, TMEM126B, TMEM70, TOP3A, TPK1, TRIT1, TRMT10C, TRMT5, TRMU, TRNT1, TSFM, TTC19, TUFM, TWNK, TYMP, UQCC2, UQCC3, UQCRB, UQCRC2, UQCRFS1, UQCRQ, VARS2, WARS2, YARS2

Nedostatak piruvat-dehidrogenaze (MIT05, 23 gena)

BOLA3, DLAT, DLD, ECHS1, FBXL4, GLRX5, HIBCH, IBA57, ISCA1, ISCA2, LIAS, LIPT1, LIPT2, NFU1, PDHA1, PDHB, PDHX, PDP1, SLC19A2, SLC19A3, SLC25A19, SLC25A26, TPK1

Primarni nedostatak koenzima Q10 (MIT08, 10 gena)

COQ2, COQ4, COQ5, COQ6, COQ7, COQ8A, COQ8B, COQ9, PDSS1, PDSS2

Progresivna eksterna oftalmoplegija (PEO) (MIT09, 13 gena)

DGUOK, DNA2, MGME1, POLG, POLG2, RNASEH1, RRM1, RRM2B, SLC25A4, TK2, TOP3A, TWNK, TYMP

Metaboličke miopatije (NMD08, 49 gena)

ACAD9, ACADM, ACADS, ACADVL, AGL, ALDOA, AMPD1, CPT2, ENO3, ETFA, ETFB, ETFDH, FDX2, FLAD1, GAA, GBE1, GYG1, GYS1, HADHA, HADHB, ISCU, LAMP2, LDHA, LPIN1, MGME1, PFKM, PGAM2, PGK1, PGM1, PHKA1, PHKB, PHKG2, PNPLA2, POLG, POLG2, PUS1, PYGM, RBCK1, RRM2B, SLC16A1, SLC22A5, SLC25A4, SLC25A20, SLC25A42, SUCLA2, TAFAZZIN, VDR, VMA21, YARS2

AARS2, ABCB7, ABCC8, ABCD1, ABCD4, ACAD9, ACADM, ACADS, ACADVL, ACBD5, ACO2, ACOX1, AFG2A, AFG3L2, AGA, AGK, AGL, AGPS, AGXT, AIFM1, ALAD, ALAS2, ALDOA, ALDOB, ALG1, ALG11, ALG12, ALG13, ALG14, ALG2, ALG3, ALG6, ALG8, ALG9, AMACR, AMN, AMT, ANO10, APPL1, APTX, ARG1, ARSA, ARSB, ARSG, ARSL, ASAH1, ASL, ASS1, ATAD3A, ATP13A2, ATP5F1A, ATP5F1D, ATP5F1E, ATP5MC3, ATP5MK, ATP5PO, ATP6AP1, ATP6AP2, ATP6V0A2, ATP6V1A, ATP6V1E1, ATPAF2, B4GALT1, BCKDHA, BCKDHB, BCS1L, BLK, BOLA3, BTD, C1QBP, C2orf69, CA5A, CAD, CARS2, CAT, CBLIF, CD320, CEL, CIAO1, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CLPB, CLPP, COA3, COA5, COA6, COA7, COA8, COG1, COG2, COG3, COG4, COG5, COG6, COG7, COG8, COQ2, COQ4, COQ5, COQ6, COQ7, COQ8A, COQ8B, COQ9, COX10, COX11, COX14, COX15, COX16, COX20, COX4I1, COX5A, COX6A1, COX6A2, COX6B1, COX7B, COX8A, CPOX, CPS1, CPT1A, CPT2, CRLS1, CTNS, CTSA, CTSD, CTSF, CTSK, CUBN, CYC1, DARS2, DBT, DDOST, DGUOK, DHDDS, DLAT, DLD, DNA2, DNAJC19, DNAJC30, DNAJC5, DNM1L, DOLK, DPAGT1, DPM1, DPM2, DPM3, DYM, EARS2, EBP, ECHS1, EDEM3, ELAC2, ENO3, ETFA, ETFB, ETFDH, ETHE1, FAR1, FARS2, FASTKD2, FBP1, FBXL4, FCSK, FDX2, FDXR, FECH, FH, FLAD1, FOXRED1, FUCA1, FUT8, G6PC1, GAA, GALC, GALNS, GALNT2, GAMT, GARS1, GATB, GATC, GATM, GBA1, GBE1, GCK, GCSH, GFER, GFM1, GFM2, GFUS, GLA, GLB1, GLDC, GLRX5, GLUD1, GM2A, GMPPA, GNE, GNPAT, GNPTAB, GNPTG, GNS, GPHN, GRHPR, GTPBP3, GUK1, GUSB, GYG1, GYS1, GYS2, HADH, HADHA, HADHB, HARS2, HCCS, HCFC1, HEXA, HEXB, HGSNAT, HIBCH, HLCS, HMBS, HNF1A, HNF1B, HNF4A, HOGA1, HSD17B10, HSD17B4, HSPD1, HTRA2, HYAL1, IARS2, IBA57, IDS, IDUA, INS, INSR, ISCA1, ISCA2, ISCU, KARS1, KCNJ11, KLF11, LAMP2, LARS2, LDHA, LETM1, LIAS, LIG3, LIPA, LIPT1, LIPT2, LMBRD1, LONP1, LRPPRC, LYRM4, LYRM7, MAGT1, MAN1B1, MAN2B1, MAN2B2, MAN2C1, MANBA, MARS2, MCEE, MCOLN1, MDH2, MECR, MFF, MFSD8, MGAT2, MGME1, MICOS13, MICU1, MIPEP, MLYCD, MMAA, MMAB, MMACHC, MMADHC, MMUT, MOCOS, MOCS1, MOCS2, MOCS3, MOGS, MPC1, MPDU1, MPI, MPV17, MRM2, MRPL3, MRPL39, MRPL44, MRPL49, MRPS16, MRPS2, MRPS22, MRPS34, MSTO1, MT-ATP6, MT-ATP8, MT-CO1, MT-CO2, MT-CO3, MT-CYB, MTFMT, MT-ND1, MT-ND2, MT-ND3, MT-ND4, MT-ND4L, MT-ND5, MT-ND6, MTO1, MTR, MTRFR, MT-RNR1, MT-RNR2, MTRR, MT-TA, MT-TC, MT-TD, MT-TE, MT-TF, MT-TG, MT-TH, MT-TI, MT-TK, MT-TL1, MT-TL2, MT-TM, MT-TN, MT-TP, MT-TQ, MT-TR, MT-TS1, MT-TS2, MT-TT, MT-TV, MT-TW, MT-TY, NADK2, NAGA, NAGLU, NAGS, NARS2, NAXD, NAXE, NDUFA1, NDUFA10, NDUFA11, NDUFA12, NDUFA13, NDUFA2, NDUFA4, NDUFA6, NDUFA8, NDUFA9, NDUFAF1, NDUFAF2, NDUFAF3, NDUFAF4, NDUFAF5, NDUFAF6, NDUFAF8, NDUFB10, NDUFB11, NDUFB3, NDUFB8, NDUFC2, NDUFS1, NDUFS2, NDUFS3, NDUFS4, NDUFS6, NDUFS7, NDUFS8, NDUFV1, NDUFV2, NEU1, NEUROD1, NFS1, NFU1, NGLY1, NPC1, NPC2, NSDHL, NSUN3, NUBPL, NUS1, OPA1, OPA3, OSTC, OTC, OXCT1, PARS2, PAX4, PC, PDHA1, PDHB, PDHX, PDP1, PDSS1, PDSS2, PDX1, PET100, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PFKM, PGAM2, PGM1, PGM3, PHKA1, PHKA2, PHKB, PHKG2, PHYH, PMM2, PMPCA, PMPCB, PNPLA8, PNPT1, POLG, POLG2, POLRMT, PPA2, PPOX, PPT1, PRDX1, PRKAG2, PRORP, PSAP, PTCD3, PUS1, PYGL, PYGM, QRSL1, RARS2, RFT1, RMND1, RNASEH1, RRM1, RRM2B, RTN4IP1, SARS2, SCO1, SCO2, SCP2, SDHA, SDHAF1, SDHB, SDHD, SERAC1, SFXN4, SGSH, SLC16A1, SLC17A5, SLC19A2, SLC19A3, SLC22A5, SLC25A1, SLC25A12, SLC25A13, SLC25A15, SLC25A19, SLC25A20, SLC25A22, SLC25A26, SLC25A3, SLC25A36, SLC25A38, SLC25A4, SLC25A42, SLC25A46, SLC2A2, SLC35A1, SLC35A2, SLC35A3, SLC35C1, SLC37A4, SLC39A8, SLC6A8, SLC6A9, SMPD1, SPG7, SRD5A3, SSBP1, SSR3, SSR4, STT3A, STT3B, SUCLA2, SUCLG1, SUMF1, SUOX, SURF1, TACO1, TAFAZZIN, TAMM41, TARS2, TCN2, TEFM, TFAM, THAP11, TIMM22, TIMM50, TIMM8A, TIMMDC1, TK2, TMEM126B, TMEM165, TMEM70, TOP3A, TPK1, TPP1, TRIM37, TRIT1, TRMT10C, TRMT5, TRMU, TRNT1, TSFM, TTC19, TUFM, TWNK, TYMP, UGDH, UGP2, UQCC2, UQCC3, UQCRB, UQCRC2, UQCRFS1, UQCRQ, UROD, UROS, VARS2, VMA12, VMA22, VPS16, VPS33A, WARS2, YARS2, ZNF143

Obogaćivanje kodirajućih i susjednih intronskih regija vrši se tehnologijom hibridizacije u otopini. Selekcija ciljanih regija i dizajn sondi izvode se interno. Sekvenciranje visokog protoka izvodi se na Illumina platformama, a bioinformatička obrada podataka na vlastitom računarskom klasteru. Nakon obrade podataka, tim naučnika i specijalista humane genetike analizira rezultate i izdaje medicinski nalaz.

1.

Savjetovanje i odabir testa

Zajedno s vama i vašim ljekarom određujemo koji je genski set ili kombinacija setova najprikladnija za kliničku sliku i biohemijske nalaze.

2.

Uzorkovanje i slanje

Uzorak se uzima u našoj ustanovi ili kod uputnog ljekara i sigurno transportuje do laboratorije.

3.

Analiza uzorka

ExomeXtra® obogaćivanje, sekvenciranje visokog protoka i bioinformatička obrada uz detekciju CNV-a.

4.

Nalaz i savjetovanje

Detaljan medicinski nalaz s ACMG klasifikacijom varijanti i preporukama, uz mogućnost konsultacije.

• 1–2 ml EDTA krvi (preporučeni tip uzorka)
• Genomska DNK (1–2 µg)
• DBS kartice, bris obraza ili pljuvačka također su mogući

• Analiza ACMG gena — izvještavanje o patogenim varijantama (klase 4 i 5) u odabranim genima za koje postoji preporučeni postupak liječenja ili praćenja (sekundarni nalazi)
• Farmakogenetska analiza (PGx) — analiza poznatih varijanti u genima uključenim u metabolizam lijekova, radi prilagođavanja terapije i smanjenja nuspojava
• Kombinovanje s drugim genskim setovima ili pojedinačnim genima bez dodatnog sekvenciranja

Kome je namijenjen panel za metaboličke bolesti i mitohondriopatije?

Panel je namijenjen djeci i odraslima sa sumnjom na nasljedni metabolički poremećaj ili mitohondriopatiju — npr. multisistemska klinička slika, zaostajanje u razvoju, encefalopatija, mišićna slabost, hipoglikemija, hiperamonemija, laktatna acidoza ili odstupajući biohemijski metaboliti — te članovima porodice osoba s poznatom patogenom varijantom.

Koliko traje izrada nalaza?

Nalaz se tipično izdaje 3–4 sedmice nakon prijema uzorka u laboratoriji.

Koliko gena obuhvata panel?

Direktorij panela obuhvata 558 gena, organiziranih u 16 genskih setova za metaboličke bolesti (MET01–MET20) i 6 setova za mitohondriopatije (MIT01, MIT02, MIT05, MIT08, MIT09 i NMD08). Moguće je naručiti pojedinačne setove ili kombinaciju setova iz drugih panela bez dodatnog sekvenciranja.

Analizira se i mitohondrijska DNK (mtDNK)?

Da. Set MIT01 obuhvata sva 37 gena mitohondrijskog genoma, dok set MIT02 pokriva 262 nuklearno kodirana gena povezana s mitohondrijskim bolestima.

Šta znači varijanta nejasnog značaja (VUS)?

VUS je varijanta za koju trenutno nema dovoljno dokaza da bi se klasificirala kao patogena ili benigna. Prijavljuje se za primarno naručeni genski set, a kako naučna saznanja napreduju, klasifikacija se može promijeniti — zato je preporučljiva konsultacija i eventualna ponovna evaluacija nalaza.