Bolesti jetre

• Redovno ažuriranje — izbor gena se redovno prilagođava aktuelnim naučnim saznanjima.
• Fleksibilnost — uz ExomeXtra® moguće je kombinovati genske setove koji pokrivaju različite bolesti.
• Detaljan medicinski nalaz — uključuje ACMG kriterije korištene za klasifikaciju varijanti.
• Najviši kvalitet — svi koraci analize izvode se u vlastitoj laboratoriji.
• Brz rok izrade — nalaz je tipično gotov 3–4 sedmice nakon prijema uzorka.

Moguće je naručiti jedan ili više predefiniranih genskih setova. Pored kompletne analize gena naručenog seta, analizu proširujemo dodatnim genima relevantnim za diferencijalnu dijagnozu. Za primarno naručeni set prijavljujemo varijante nepoznatog značaja (ACMG klasa 3), kao i vjerovatno patogene i patogene varijante (klase 4 i 5), dok se za dodatne gene prijavljuju samo varijante klase 4 i 5.

Budući da je panel zasnovan na ExomeXtra® obogaćivanju, bez dodatnog sekvenciranja mogu se naručiti i fenotipski relevantni genski setovi iz drugih panela ili pojedinačni geni; na zahtjev je moguće sastaviti i individualni panel. Uz primarnu dijagnostičku narudžbu opcionalno se mogu naručiti HLA tipizacija, analiza ACMG gena i farmakogenetsko profiliranje.

Progresivna familijarna intrahepatična kolestaza (LIV01, 11 gena)

ABCB11, ABCB4, ATP8B1, KIF12, MYO5B, NR1H4, PSKH1, TJP2, USP53, VPS33B, ZFYVE19

Progresivna familijarna intrahepatična kolestaza (PFIC) zajednički je naziv za heterogenu grupu bolesti jetre s otežanim otjecanjem žuči. Sastojci žuči nakupljaju se u jetri i krvi, što vremenom vodi u fibrozu i potom cirozu jetre (često već u prvoj deceniji života), kada transplantacija jetre ostaje jedina opcija liječenja. Otežano otjecanje žuči obično je posljedica defekta jednog od transportnih proteina u membrani hepatocita, što uzrokuje različite tipove PFIC-a — svi se nasljeđuju autosomno recesivno. S prevalencom od 1:50.000–100.000, PFIC je jedna od češćih nasljednih bolesti jetre. Fenotipovi se djelomično preklapaju pa se tipovi često mogu razlikovati samo imunohistohemijski ili genetski.

Kolestaza (LIV10, 66 gena)

ABCB11, ABCB4, ABCC2, ADK, AKR1D1, AMACR, ATP7B, ATP8B1, BAAT, BCS1L, CFTR, CLDN1, CYP27A1, CYP7B1, DCDC2, DGUOK, FAH, FOCAD, GALE, GALT, GBA1, HADHA, HNF1B, HSD3B7, JAG1, KIF12, LARS1, LIPA, MPV17, MYO5B, NBAS, NOTCH2, NPC1, NPC2, NR1H4, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PKHD1, POLG, PSKH1, RINT1, SERPINA1, SLC25A13, SMPD1, TJP2, TRMU, TULP3, UNC45A, USP53, VIPAS39, VPS33B, VPS50, YARS1, ZFYVE19

Panel LIV10 uključuje sve relevantne gene povezane s kolestazom (uključujući LIV01), kao i gene JAG1 i NOTCH2 specifične za autosomno dominantni Alagille sindrom. Zahvaćenost jetre u Alagille sindromu karakteriše urođena malformacija žučnih vodova ili smanjenje njihovog broja. Nastala kolestaza vodi u inflamaciju i ožiljavanje te konačno u cirozu jetre. Genetska analiza razlikuje tip 1 (ALGS1, gen JAG1) i tip 2 (ALGS2, gen NOTCH2).

Hemohromatoza

HFE (p.Cys282Tyr) — ciljana analiza najčešće varijante p.Cys282Tyr u genu HFE, koja je odgovorna za većinu slučajeva hereditarne hemohromatoze, nasljednog poremećaja u kojem se željezo prekomjerno nakuplja u jetri i drugim organima. Rano prepoznavanje omogućava jednostavno i efikasno liječenje (venepunkcije) prije nastanka trajnog oštećenja jetre.

ABCB11, ABCB4, ABCC2, ADK, AKR1D1, AMACR, ATP7B, ATP8B1, BAAT, BCS1L, CFTR, CLDN1, CYP27A1, CYP7B1, DCDC2, DGUOK, FAH, FOCAD, GALE, GALT, GBA1, HADHA, HNF1B, HSD3B7, JAG1, KIF12, LARS1, LIPA, MPV17, MYO5B, NBAS, NOTCH2, NPC1, NPC2, NR1H4, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PKHD1, POLG, PSKH1, RINT1, SERPINA1, SLC25A13, SMPD1, TJP2, TRMU, TULP3, UNC45A, USP53, VIPAS39, VPS33B, VPS50, YARS1, ZFYVE19

Obogaćivanje kodirajućih i susjednih intronskih regija vrši se tehnologijom hibridizacije u otopini. Selekcija ciljanih regija i dizajn sondi izvode se interno. Sekvenciranje se provodi na Illumina platformama, a bioinformatička obrada, detekcija CNV-a i medicinska interpretacija u potpunosti se rade u specijaliziranoj laboratoriji.

1. Savjetovanje i odabir testa

Zajedno s vama i vašim hepatologom ili gastroenterologom određujemo koji je genski set ili kombinacija setova najprikladnija za kliničku sliku.

2. Uzorkovanje i slanje

Uzorak se uzima kod uputnog ljekara ili u našoj ustanovi i sigurno transportuje do laboratorije.

3. Analiza uzorka

ExomeXtra® obogaćivanje, sekvenciranje visokog protoka i bioinformatička obrada uz detekciju CNV-a.

4. Nalaz i savjetovanje

Detaljan medicinski nalaz s ACMG klasifikacijom varijanti i preporukama, uz mogućnost konsultacije.

• 1–2 ml EDTA krvi (preporučeni tip uzorka)
• Genomska DNK (1–2 µg)
• DBS kartice, bris obraza ili pljuvačka također su mogući

• HLA tipizacija — HLA klasa I (geni A, B, C) i HLA klasa II (geni DPA1, DPB1, DQA1, DQB1, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5), korisna i u pripremi za transplantaciju jetre
• Analiza ACMG gena — izvještavanje o patogenim varijantama (klase 4 i 5) u odabranim genima za koje postoji preporučeni postupak liječenja ili praćenja (sekundarni nalazi)
• Farmakogenetska analiza (PGx) — analiza varijanti u genima uključenim u metabolizam lijekova, radi prilagođavanja terapije i smanjenja nuspojava

Kome je namijenjen panel za bolesti jetre?

Panel je namijenjen pacijentima sa sumnjom na nasljednu bolest jetre — kolestazu, progresivnu familijarnu intrahepatičnu kolestazu (PFIC), Alagille sindrom, hereditarnu hemohromatozu, Wilsonovu bolest, deficijenciju α1-antitripsina te druge metaboličke i bilijarne bolesti jetre, posebno kada uzrok nije razjašnjen standardnim ispitivanjima.

Koliko traje izrada nalaza?

Nalaz je tipično gotov 3–4 sedmice nakon prijema uzorka u laboratoriji.

Koji uzorak je potreban?

Preporučuje se 1–2 ml EDTA krvi. Alternativno su prihvatljivi genomska DNK (1–2 µg), DBS kartice, bris obraza ili pljuvačka.

Zašto je genetska dijagnoza bolesti jetre važna?

Terapija bolesti jetre u velikoj mjeri zavisi od osnovnog uzroka, a mnoge nasljedne bolesti jetre dobro odgovaraju na liječenje kada se prepoznaju na vrijeme. Genetska dijagnoza usmjerava terapiju i ishranu, omogućava procjenu rizika za članove porodice te pomaže u planiranju i praćenju transplantacije jetre.