Bolesti kože

Redovno ažuriranje

Izbor gena se redovno prilagođava aktuelnim naučnim saznanjima.

Fleksibilnost

Uz ExomeXtra® moguće je kombinovati genske setove koji pokrivaju različite bolesti.

Detaljan medicinski nalaz

Uključuje ACMG kriterije korištene za klasifikaciju varijanti.

Najviši kvalitet

Svi koraci analize izvode se u vlastitoj laboratoriji.

Brz rok izrade

Tipično 3–4 sedmice nakon prijema uzorka.

Sigurnost

Najviši standardi povjerljivosti i kvaliteta.

Pouzdanost

Pouzdana podrška kroz sve korake procesa.

Razumljivost

Jasno i pregledno pripremljen medicinski nalaz.

Moguće je naručiti jedan ili više predefiniranih genskih setova. Pored kompletne analize gena naručenog seta, analizu proširujemo dodatnim genima za diferencijalnu dijagnozu. Za primarno naručeni set prijavljujemo varijante nepoznatog značaja (ACMG klasa 3) te patogene i vjerovatno patogene varijante (ACMG klase 4 i 5). Za gene uključene zbog diferencijalne dijagnoze izvještavanje je ograničeno na patogene i vjerovatno patogene varijante (klase 4 i 5) koje mogu biti povezane s indikacijom pacijenta.

Budući da je panel zasnovan na ExomeXtra® obogaćivanju, bez dodatnog sekvenciranja mogu se naručiti i fenotipski relevantni genski setovi iz drugih panela ili pojedinačni geni; na zahtjev je moguće sastaviti i individualni panel. Uz primarnu dijagnostičku narudžbu moguće je zatražiti i HLA tipizaciju, analizu ACMG gena te farmakogenetsko profiliranje.

Okulokutani albinizam (DRM01, 11 gena)

CACNA1F, DCT, GPR143, LRMDA, MC1R, OCA2, SLC24A5, SLC45A2, TPCN2, TYR, TYRP1

Sindromski albinizam i srodni poremećaji: Hermansky-Pudlak, Griscelli i Waardenburg sindrom (DRM02, 24 gena)

AP3B1, AP3D1, BLOC1S3, BLOC1S5, BLOC1S6, CLCN7, DTNBP1, EDN3, EDNRB, EPG5, HPS1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, KIT, KITLG, LYST, MITF, MLPH, MYO5A, PAX3, RAB27A, SOX10

Hiperpigmentacija: Dowling-Degos bolest i srodni poremećaji (DRM03, 18 gena)

ABCB6, ADAM10, ADAR, BRAF, KITLG, KRT14, KRT5, MAP2K1, POFUT1, POGLUT1, PRKAR1A, PSENEN, PTPN11, RAF1, SASH1, SPRED1, ST3GAL5, STK11

Ihtioza, palmoplantarna keratoderma i srodni poremećaji kornifikacije (DRM04, 73 gena)

AAGAB, ABCA12, ABHD5, ALDH3A2, ALOX12B, ALOXE3, AP1B1, AQP5, ASPRV1, ATP2A2, ATP2C1, CARD14, CAST, CDSN, CERS3, CLDN1, CLDN10, CSTA, CTSC, CYP4F22, DSG1, DSP, ENPP1, ERCC2, ERCC3, FDPS, FLG, FLG2, GJA1, GJB2, GJB3, GJB4, GJB6, GTF2H5, JUP, KDSR, KRT1, KRT10, KRT14, KRT16, KRT17, KRT2, KRT6A, KRT6B, KRT6C, KRT9, LORICRIN, MBTPS2, MPDU1, MVD, MVK, NIPAL4, NLRP1, PERP, PKP1, PMVK, PNPLA1, POMP, RHBDF2, SDR9C7, SERPINB7, SLC27A4, SLURP1, SNAP29, SPINK5, ST14, STS, SULT2B1, TGM1, TGM5, TRPM4, TRPV3, WNT10A

Epidermolysis bullosa i srodni genetski bulozni poremećaji (DRM05, 25 gena)

ATP2C1, CAST, CDSN, COL17A1, COL7A1, CSTA, DSP, DST, EXPH5, FERMT1, FLG2, ITGA3, ITGA6, ITGB4, JUP, KLHL24, KRT1, KRT10, KRT14, KRT5, LAMA3, LAMB3, LAMC2, PKP1, PLEC, TGM5, TUFT1

Ektodermalna displazija, selektivna agenezija zuba, trihotiodistrofija i hipotrihoza (DRM08, 68 gena)

ANTXR1, APCDD1, AXIN2, BCS1L, BMP4, C3orf52, CDH3, CDSN, DLX3, DSC3, DSG4, DSP, EDA, EDAR, EDARADD, ERCC2, FOSL2, FZD6, GJA1, GJB6, GTF2E2, GTF2H5, HOXC13, HR, IRF6, JUP, KDF1, KREMEN1, KRT14, KRT25, KRT74, KRT81, KRT83, KRT85, KRT86, LEF1, LIPH, LPAR6, LRP6, LSS, LTBP3, MBTPS2, MPLKIP, MSX1, NECTIN1, NECTIN4, NFKBIA, PADI3, PAX9, PKP1, PORCN, PRKD1, PTH1R, RMRP, RNF113A, RPL21, RSPO4, SNRPE, SOX18, SREBF1, ST14, TP63, TRPS1, TSPEAR, TUFT1, VDR, WNT10A, WNT10B

Dyskeratosis congenita (DRM09, 17 gena)

ACD, CTC1, DCLRE1B, DKC1, FERMT1, LIG4, NHP2, NOP10, PARN, RECQL4, RTEL1, TERC, TERT, TINF2, USB1, WRAP53, ZCCHC8

Fotodermatoze: Xeroderma pigmentosum, Cockayne sindrom, COFS sindrom i srodni poremećaji (DRM10, 23 gena)

ALAS2, BLM, DDB2, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERCC6, ERCC8, FECH, FERMT1, GTF2H5, POLH, PPOX, RECQL4, SLC6A19, UROD, UROS, USB1, UVSSA, XPA, XPC

Neurofibromatoza tip 1 i srodni poremećaji (DRM11, 5 gena)

LZTR1, NF1, NF2, SMARCB1, SPRED1

Vaskularni poremećaji: hereditarna hemoragijska telangiektazija, cerebralne kavernozne malformacije, Moyamoya i srodni poremećaji (DRM12, 21 gen)

ACTA2, ACVRL1, ADA2, CCM2, COL3A1, ENG, EPHB4, GDF2, GLMN, GUCY1A1, KRIT1, PDCD10, PTEN, RASA1, RNF213, SLC2A10, SMAD4, SOX18, TEK, THSD1, YY1AP1

Sindromi progerije i primarna lipodistrofija (DRM13, 41 gen)

AGPAT2, ALDH18A1, ATP6V0A2, ATP6V1A, ATP6V1E1, BANF1, BLM, BSCL2, BUD13, CAV1, CAVIN1, COG4, ELN, ERCC1, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERCC6, ERCC8, FBN1, GORAB, KCNJ6, LEMD2, LIPE, LMNA, MTX2, OTULIN, PDGFRB, PIK3R1, PLIN1, POLD1, POLR3A, PPARG, PSMB8, PTDSS1, PYCR1, SLC25A24, TOMM7, TOP3A, WRN, ZMPSTE24

Primarni limfedem (DRM14, 16 gena)

ABCC9, ADAMTS3, CCBE1, CELSR1, EPHB4, FAT4, FLT4, FOXC2, GATA2, GJC2, KIF11, PIEZO1, PTPN14, SOX18, TIE1, VEGFC

Hereditarni angioedem (DRM15, 1 gen, 4 hotspota)

SERPING1, ANGPT1 (egzon 2), F12 (egzon 9), KNG1 (egzon 10), PLG (egzon 9)

Cutis laxa (DRM16)

Zamijenjen je setom CTD02 — bolesti vezivnog tkiva (cutis laxa, Ehlers-Danlos sindrom, Marfanov sindrom, Loeys-Dietz sindrom, aneurizma aorte i diferencijalne dijagnoze).

AAGAB, ABCA12, ABCB6, ABCC9, ABHD5, ACD, ACTA2, ACVRL1, ADA2, ADAM10, ADAMTS3, ADAR, AGPAT2, ALAS2, ALDH18A1, ALDH3A2, ALOX12B, ALOXE3, ANGPT1, ANTXR1, AP1B1, AP1S1, AP3B1, AP3D1, APCDD1, AQP5, ASPRV1, ATP2A2, ATP2C1, ATP6V0A2, ATP6V1A, ATP6V1E1, AXIN2, BANF1, BCS1L, BLM, BLOC1S3, BLOC1S5, BLOC1S6, BMP4, BRAF, BSCL2, BUD13, C3orf52, CACNA1F, CARD14, CAST, CAV1, CAVIN1, CCBE1, CCM2, CDH3, CDSN, CELSR1, CERS3, CLCN7, CLDN1, CLDN10, COG4, COL17A1, COL3A1, COL7A1, CSTA, CTC1, CTSC, CYP4F22, DBR1, DCLRE1B, DCT, DDB2, DKC1, DLX3, DOLK, DSC3, DSG1, DSG4, DSP, DST, DTNBP1, EBP, EDA, EDAR, EDARADD, EDN3, EDNRB, ELN, ELOVL1, ELOVL4, ENG, ENPP1, EPG5, EPHB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERCC6, ERCC8, EXPH5, F12, FAM111B, FAT4, FBN1, FDPS, FECH, FERMT1, FGF10, FGFR2, FGFR3, FLG, FLG2, FLT4, FOSL2, FOXC2, FZD6, GATA2, GDF2, GJA1, GJB2, GJB3, GJB4, GJB6, GJC2, GLMN, GLS, GORAB, GPR143, GTF2E2, GTF2H5, GUCY1A1, HOXC13, HPS1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, HR, IRF6, ITGA3, ITGA6, ITGB4, JUP, KCNJ6, KDF1, KDSR, KIF11, KIT, KITLG, KLHL24, KNG1, KREMEN1, KRIT1, KRT1, KRT10, KRT14, KRT16, KRT17, KRT2, KRT25, KRT5, KRT6A, KRT6B, KRT6C, KRT74, KRT81, KRT83, KRT85, KRT86, KRT9, LAMA3, LAMB3, LAMC2, LEF1, LEMD2, LIG4, LIPE, LIPH, LMNA, LORICRIN, LPAR6, LRMDA, LRP6, LSS, LTBP3, LYST, LZTR1, MAP2K1, MBTPS2, MC1R, MITF, MLPH, MPDU1, MPLKIP, MSMO1, MSX1, MTX2, MVD, MVK, MYO5A, NECTIN1, NECTIN4, NF1, NF2, NFKBIA, NHP2, NIPAL4, NLRP1, NOP10, NSDHL, OCA2, OTULIN, PADI3, PARN, PAX3, PAX9, PCNA, PDCD10, PDGFRB, PERP, PEX7, PHYH, PIEZO1, PIGA, PIGL, PIK3R1, PKP1, PLEC, PLG, PLIN1, PMVK, PNPLA1, POFUT1, POGLUT1, POLD1, POLH, POLR3A, POMP, PORCN, PPARG, PPOX, PRKAR1A, PRKD1, PSENEN, PSMB8, PTDSS1, PTEN, PTH1R, PTPN11, PTPN14, PYCR1, RAB27A, RAF1, RASA1, RECQL4, RHBDF2, RMRP, RNF113A, RNF213, RPL21, RSPO4, RTEL1, SAMHD1, SASH1, SDR9C7, SERPINB7, SERPING1, SHOC2, SLC24A5, SLC25A24, SLC27A4, SLC2A10, SLC39A4, SLC45A2, SLC6A19, SLURP1, SMAD4, SMARCB1, SNAP29, SNRPE, SOX10, SOX18, SPINK5, SPRED1, SRD5A3, SREBF1, ST14, ST3GAL5, STK11, STS, SULT2B1, SUMF1, TAT, TEK, TERC, TERT, TGM1, TGM5, THSD1, TIE1, TINF2, TOMM7, TOP3A, TP63, TPCN2, TRPM4, TRPS1, TRPV3, TSPEAR, TUFT1, TYR, TYRP1, UROD, UROS, USB1, UVSSA, VDR, VEGFC, VIPAS39, VPS33B, WNT10A, WNT10B, WRAP53, WRN, XPA, XPC, YY1AP1, ZCCHC8, ZMPSTE24

Obogaćivanje kodirajućih i susjednih intronskih regija vrši se tehnologijom hibridizacije u otopini. Selekcija ciljanih regija i dizajn sondi izvode se interno. Sekvenciranje visokog protoka izvodi se na Illumina platformama, a bioinformatička obrada podataka na vlastitom računarskom klasteru. Nakon obrade podataka, tim naučnika i specijalista humane genetike analizira rezultate i izdaje medicinski nalaz.

1.

Savjetovanje i odabir testa

Zajedno s vama i vašim ljekarom određujemo koji je genski set ili kombinacija setova najprikladnija za kliničku sliku.

2.

Uzorkovanje i slanje

Uzorak se uzima u našoj ustanovi ili kod uputnog ljekara i sigurno transportuje do laboratorije.

3.

Analiza uzorka

ExomeXtra® obogaćivanje, sekvenciranje visokog protoka i bioinformatička obrada uz detekciju CNV-a.

4.

Nalaz i savjetovanje

Detaljan medicinski nalaz s ACMG klasifikacijom varijanti i preporukama, uz mogućnost konsultacije.

• 1–2 ml EDTA krvi (preporučeni tip uzorka)
• Genomska DNK (1–2 µg)
• DBS kartice, bris obraza ili pljuvačka također su mogući

• HLA tipizacija — HLA klasa I (geni A, B, C) i HLA klasa II (geni DPA1, DPB1, DQA1, DQB1, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5)
• Analiza ACMG gena — izvještavanje o patogenim varijantama (klase 4 i 5) u odabranim genima za koje postoji preporučeni postupak liječenja ili praćenja (sekundarni nalazi)
• Farmakogenetska analiza (PGx) — analiza poznatih varijanti u genima uključenim u metabolizam lijekova, radi prilagođavanja terapije i smanjenja nuspojava

Kome je namijenjen panel za bolesti kože?

Panel je namijenjen pacijentima sa sumnjom na nasljednu bolest kože — npr. ihtiozu i druge poremećaje kornifikacije, epidermolysis bullosa, albinizam, ektodermalnu displaziju, fotodermatoze poput xeroderma pigmentosum, primarni limfedem ili hereditarni angioedem — te članovima porodice osoba s poznatom patogenom varijantom.

Koliko traje izrada nalaza?

Nalaz se tipično izdaje 3–4 sedmice nakon prijema uzorka u laboratoriji.

Koliko gena obuhvata panel?

Panel obuhvata 329 gena povezanih s bolestima kože, a moguće je naručiti pojedinačne genske setove (DRM01–DRM16) ili kombinaciju setova iz drugih panela bez dodatnog sekvenciranja.

Zašto je genetska dijagnoza bolesti kože važna?

Precizna genetska dijagnoza omogućava odabir prave terapije, prepoznavanje rizika povezanih s bolešću (npr. povećan rizik od tumora kod fotodermatoza), planiranje preventivnih pregleda te genetsko savjetovanje za članove porodice.