Poremećaji imunološkog sistema

• Redovna ažuriranja — izbor gena redovno se prilagođava aktuelnim naučnim saznanjima.
• Fleksibilnost — uz ExomeXtra® moguće je kombinovati genske setove za različite bolesti.
• Detaljan medicinski nalaz — uključuje ACMG kriterije korištene za klasifikaciju varijanti.
• Brz nalaz — obično 3–4 nedjelje nakon prijema uzorka, uz najviše standarde povjerljivosti i kvaliteta.

Moguće je zatražiti jedan ili više unaprijed definisanih genskih setova. Uz kompletnu analizu gena traženog seta, analizu proširujemo dodatnim genima za diferencijalnu dijagnozu. Za primarno traženi set prijavljujemo varijante nepoznatog značenja (ACMG klasa 3) te patogene i vjerovatno patogene varijante (ACMG klase 4 i 5).

Za gene uključene radi diferencijalne dijagnoze prijava je ograničena na patogene i vjerovatno patogene varijante (ACMG klase 4 i 5) koje mogu biti povezane s indikacijom osobe koja se testira.

Budući da je panel zasnovan na ExomeXtra® obogaćivanju, bez dodatnog sekvenciranja moguće je naručiti i fenotipski relevantne genske setove drugih panela ili pojedinačne gene. Uz primarnu dijagnostičku analizu mogu se zatražiti i procjena ACMG gena te farmakogenetsko profiliranje.

Primarne deficijencije antitijela (40 gena, PID01)

Uklj. hiper-IgM sindrom, CVID, agamaglobulinemiju, aktivirane PI3Kdelta sindrome: AICDA, ARHGEF1, ATM, ATP6AP1, BLNK, BTK, CARD11, CD19, CD40, CD40LG, CD79A, CD79B, CD81, CR2, CTNNBL1, FNIP1, ICOS, IGLL1, IKZF1, IRF2BP2, MOGS, MS4A1, NFKB1, NFKB2, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PLCG2, PTEN, RAC2, SEC61A1, SH3KBP1, SLC39A7, SPI1, TCF3, TNFRSF13B, TNFRSF13C, TOP2B, TRNT1, UNG

Teške kombinovane imunodeficijencije (SCID) (23 gena, PID02)

ADA, AK2, ATM, BCL11B, CD247, CD3D, CD3E, CORO1A, DCLRE1C, IL2RG, IL7R, JAK3, LAT, LIG4, NHEJ1, PRKDC, PTPRC, RAC2, RAG1, RAG2, RMRP, RPSA, TBX1

Kombinovane imunodeficijencije (CID) (59 gena, PID03)

ARPC1B, ARPC5, B2M, BCL10, CARD11, CD27, CD3E, CD3G, CD40, CD40LG, CD8A, CHD7, CIITA, DOCK2, DOCK8, FCHO1, FOXI3, FOXN1, GINS1, ICOS, IKBKB, IKZF1, IKZF2, ICOSLG, IL21, IL21R, ITK, LCK, LCP2, LIG1, MALT1, MAP3K14, MCM10, MCM4, MSN, MTHFD1, NFKBIA, ORAI1, PAX1, PNP, REL, RELA, RELB, RFX5, RFXANK, RFXAP, SASH3, SLC46A1, SP110, STIM1, STK4, TAP1, TAP2, TAPBP, TBX1, TBX2, TFRC, TNFRSF4, ZAP70

Hiper-IgE sindrom (13 gena, PID04)

ARPC1B, CARD11, DOCK8, ERBIN, IL6R, IL6ST, PGM3, SPINK5, STAT3, STAT6, TGFBR1, TGFBR2, WAS, WIPF1, ZNF341

Defekti komplementnog sistema (17 gena, PID06)

C1QA, C1QB, C1QC, C1R, C1S, C2, C3, C5, C6, C7, C8A, C8B, CFD, CFH, CFI, CFP, FCN3

Kongenitalna neutropenija (23 gena, PID07)

CEBPE, CLPB, CSF3R, CXCR2, CXCR4, DNAJC21, EFL1, ELANE, G6PC3, GFI1, GINS1, HAX1, JAGN1, LAMTOR2, SBDS, SLC37A4, SMARCD2, SRP54, TAFAZZIN, USB1, VPS13B, VPS45, WAS

Hronična granulomatozna bolest (defekti respiratornog praska) (7 gena, PID08)

CYBA, CYBB, CYBC1, G6PD, NCF1 (c.75_76delGT), NCF2, NCF4

Hronična mukokutana kandidijaza (8 gena, PID10)

AIRE, CARD9, IL17F, IL17RA, IL17RC, RORC, STAT1, TRAF3IP2

Podložnost mikobakterijskim infekcijama (17 gena, PID11)

CYBB, IFNG, IFNGR1, IFNGR2, IL12B, IL12RB1, IL23R, IRF1, IRF8, ISG15, JAK1, MCTS1, RORC, SPPL2A, STAT1, TBX21, TYK2

Podložnost virusnim infekcijama (22 gena, PID12)

DBR1, GATA2, GINS1, IFIH1, IFNAR1, IFNAR2, IRF3, IRF7, IRF9, MCM4, POLR3A, POLR3F, RANBP2, SNORA31, STAT1, STAT2, TBK1, TICAM1, TLR3, TRAF3, UNC93B1, ZNFX1

Periodični febrilni sindromi sa ili bez urtikarije (10 gena, AID01)

ELANE, F12, MEFV, MVK, NLRP12, NLRP3, NOD2, OTULIN, PSTPIP1, TNFRSF1A

Ostali autoinflamatorni poremećaji (38 gena, AID02)

Uklj. upale kože, zglobova i kostiju te vaskulitise: ADA2, ADAM17, AP1S3, ARPC1B, CARD11, CARD14, COPA, DPP9, ELF4, HAVCR2, HCK, IL1RN, IL36RN, LACC1, LPIN2, LYN, NCKAP1L, NFKB1, NLRC4, NLRP1, NOD2, OTULIN, PLCG2, POMP, PSMA3, PSMB10, PSMB4, PSMB8, PSMB9, PSMG2, PSTPIP1, RELA, RIPK1, SLC29A3, STING1, SYK, TNFAIP3, UBA1

Interferonopatije tipa I (25 gena, AID07)

Uklj. interferonopatije s vodećim neurološkim simptomima, Aicardi-Goutièresov sindrom te sistemski eritemski lupus (SLE) / chilblain lupus: ADA2, ADAR, C1QA, C1QB, C1QC, C2, C2orf69, C3, DNASE1L3, DNASE2, IFIH1, LSM11, OAS1, POLA1, PRKCD, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RNU7-1, SAMHD1, STAT2, STING1, TLR7, TREX1, UNC93B1

Imunska disregulacija s ranim kolitisom (IBD) (34 gena, AID03)

AICDA, ARPC1B, BACH2, CD3G, CD40LG, CD55, CTLA4, CYBA, CYBB, CYBC1, ELF4, FOXP3, GUCY2C, IL10, IL10RA, IL10RB, LRBA, MALT1, NCF1, NCF2, NCF4, NLRC4, PIK3CD, RIPK1, SKIC2, SKIC3, SLC37A4, SLCO2A1, STAT3, TGFB1, TNFAIP3, TRIM22, TTC7A, XIAP

Primarna hemofagocitna limfohistiocitoza (HLH) (11 gena, AID04)

AP3B1, AP3D1, HAVCR2, LIPA, LYST, PRF1, RAB27A, SLC7A7, STX11, STXBP2, UNC13D

Abnormalna limfoproliferacija (33 gena, AID05)

Podložnost EBV infekciji s limfoproliferacijom / ALPS: CARMIL2, CASP10, CASP8, CBLB, CD27, CD70, CDC42, CORO1A, CTLA4, CTPS1, FADD, FAS, FASLG, IL2RA, IL2RB, ITK, KRAS, LAT, LRBA, MAGT1, NFKB1, NRAS, PIK3CD, PIK3R1, PRKCD, RASGRP1, SH2D1A, SOCS1, STAT3, STK4, TET2, TNFRSF9, XIAP

Defekti regulatornih T-ćelija / IPEX (16 gena, AID06)

BACH2, CARMIL2, CTLA4, DEF6, DOCK8, FAS, FASLG, FOXP3, IKBKB, IKZF1, IL2RA, IL2RB, LRBA, MALT1, STAT3, STAT5B

Za pacijente s autoimunim limfoproliferativnim bolestima dostupan je i sveobuhvatan panel dubinskog sekvenciranja za detekciju somatskih mozaičnih varijanti.

Obogaćivanje kodirajućih regija i pripadajućih intronskih regija izvodi se tehnologijom hibridizacije u rastvoru. Odabir ciljanih regija i dizajn sondi za obogaćivanje rade se in-house. Sekvenciranje visoke propusnosti obavlja se na Illumina platformama, a bioinformatička obrada podataka na internom računarskom klasteru. Nakon obrade podataka, tim naučnika i specijalista humane genetike analizira rezultate i izdaje medicinski nalaz.

1. Savjetovanje i odabir testa

Zajedno određujemo odgovarajući genski set na osnovu kliničke slike, laboratorijskih nalaza i porodične anamneze.

2. Uzorkovanje i transport

Uzimanje uzorka i sigurna dostava do laboratorije uz prateću dokumentaciju.

3. Analiza uzorka

ExomeXtra® obogaćivanje, sekvenciranje i bioinformatička analiza podataka, uključujući analizu CNV-a.

4. Nalaz i savjetovanje

Izdavanje jasnog medicinskog nalaza s ACMG klasifikacijom varijanti, tumačenjem i preporukama.

• 1–2 ml EDTA krvi (preporučeni tip uzorka)
• Genomska DNK (1–2 µg)
• Moguće su i DBS kartice, bukalni bris ili saliva; drugi materijali na upit

• HLA tipizacija (HLA01) — HLA klasa I (geni A, B, C) i HLA klasa II (DPA1, DPB1, DQA1, DQB1, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5)
• ACMG geni — prijava patogenih varijanti (ACMG klase 4 i 5) u odabranim genima za koje postoji preventivna ili terapijska mogućnost
• Farmakogenetika (PGx) — analiza varijanti u 21 genu koji utječu na metabolizam i djelovanje lijekova

Kada je genetsko testiranje imunoloških poremećaja indicirano?

Kod ponavljajućih, teških ili neuobičajenih infekcija, rano nastalog kolitisa, neobjašnjenih periodičnih febrilnih stanja, sumnje na autoinflamatornu ili autoimunu bolest, limfoproliferacije te pozitivne porodične anamneze. Nalaz je važan i prije transplantacije, imunosupresivne terapije ili primjene živih vakcina.

Koliko traje analiza?

Nalaz je obično gotov 3–4 nedjelje nakon prijema uzorka u laboratoriju.

Koji uzorak je potreban?

Preporučuje se 1–2 ml EDTA krvi. Prihvatljivi su i izolirana genomska DNK (1–2 µg), DBS kartice, bukalni bris ili saliva. Drugi tipovi uzorka mogući su na upit.

Koja je razlika između PID i AID genskih setova?

PID setovi pokrivaju primarne imunodeficijencije — urođena stanja smanjene ili neispravne imunske odbrane. AID setovi pokrivaju autoinflamatorne i autoimune bolesti u kojima imunski sistem prekomjerno reaguje ili napada vlastito tkivo. Oba spektra mogu se kombinovati u jednoj analizi.

Mogu li se genski setovi kombinovati?

Da. Panel je zasnovan na ExomeXtra® obogaćivanju, pa se bez dodatnog sekvenciranja mogu naručiti i fenotipski relevantni setovi drugih panela ili pojedinačni geni, kao i individualno sastavljeni panel.