Dubinska imunogenetika (DIG)

• 337 gena — DIG obogaćivanje sadrži 337 gena povezanih s imunološkom disregulacijom.
• Pokrivenost 750–1000× — svaka baza pokrivena je s približno 750–1000 čitanja, znatno više od standardnih panela.
• Granica detekcije ≥5 % — visoka pokrivenost omogućava detekciju mozaičnih varijanti od ≥5 % sekvenciranih čitanja, te ≥2 % za varijante u poznatim hotspotovima.
• Paralelno sekvenciranje — svi geni obogaćivanja sekvenciraju se paralelno, a interpretiraju se geni povezani s fenotipom pacijenta.

• Redovna ažuriranja — odabir gena redovno se prilagođava aktualnim naučnim saznanjima.
• Detekcija varijanti — identifikacija somatskih mozaičnih varijanti u imunološkim bolestima.
• Sveobuhvatan medicinski nalaz — uključuje ACMG kriterije korištene za klasifikaciju varijanti.
• Brzo vrijeme obrade — tipično 3–4 sedmice od prijema uzorka, uz jasno pripremljen nalaz.

Moguće je zatražiti jedan ili više predefinisanih genskih setova. Uz kompletnu analizu gena traženog seta, analizu proširujemo dodatnim genima za diferencijalnu dijagnozu.

Za primarno naručeni genski set prijavljujemo varijante nejasnog značenja (ACMG klasa 3) te patogene i vjerovatno patogene varijante (ACMG klase 4 i 5). Za gene uključene radi diferencijalne dijagnoze prijavljivanje ograničavamo na patogene i vjerovatno patogene varijante (klase 4 i 5) koje mogu biti povezane s indikacijom osobe koja traži savjet.

DIG obogaćivanje s visokom pokrivenošću preporučujemo kao analizu drugog reda, nakon egzomske ili panel dijagnostike.

Opcionalni korak 1: egzomsko obogaćivanje — preporučeni genski setovi

Abnormalna limfoproliferacija (29 gena, AID05) — EBV podložnost s limfoproliferacijom / ALPS: CARMIL2, CASP10, CASP8, CD27, CD70, CORO1A, CTPS1, FADD, FAS, FASLG, IL2RA, IL2RB, ITK, KRAS, LAT, LRBA, MAGT1, NFKB1, NRAS, PIK3CD, PIK3R1, PRKCD, RASGRP1, SH2D1A, STAT3, STK4, TET2, TNFRSF9, XIAP

Periodični febrilni sindromi sa/bez urtikarije (10 gena, AID01): ELANE, F12, MEFV, MVK, NLRP12, NLRP3, NOD2, OTULIN, PSTPIP1, TNFRSF1A

Ostale autoinflamatorne bolesti bez interferonopatija tipa I (35 gena, AID02) — uključujući inflamaciju kože, zglobova i kostiju te vaskulitis: ADA2, ADAM17, AP1S3, ARPC1B, CARD11, CARD14, COPA, DPP9, ELF4, HAVCR2, HCK, IL1RN, IL36RN, LPIN2, LYN, NCKAP1L, NFKB1, NLRC4, NLRP1, NOD2, OTULIN, PLCG2, POMP, PSMA3, PSMB10, PSMB4, PSMB8, PSMB9, PSMG2, PSTPIP1, RELA, RIPK1, SLC29A3, SYK, TNFAIP3

Korak 2: DIG obogaćivanje — dubinsko sekvenciranje za detekciju mozaičnih varijanti

Limfoproliferacija i autoimunost (47 gena, DIG01): ADA2, CARD11, CARMIL2, CASP10, CASP8, CBLB, CCL22, CD27, CD70, CDC42, CTLA4, CTPS1, DEF6, FADD, FAS, FASLG, HAVCR2, IKZF1, IKZF3, IL2RA, IL2RB, ITK, JAK2, JAK3, KRAS, LAT, LRBA, MAGT1, NCKAP1L, NFKB1, NRAS, PIK3CD, PIK3R1, PRKCD, PTEN, PTPN11, RASGRP1, SH2D1A, SOCS1, STAT1, STAT3, STAT5B, STK4, TET2, TNFRSF9, XIAP, ZAP70

Autoinflamacija (60 gena, DIG02): ADA2, AP3B1, BACH2, CARD11, CARD14, CDC42, CEBPE, COPA, CTLA4, GATA2, HAVCR2, HCK, IFIH1, IL6ST, JAK1, LYN, LYST, NCKAP1L, NFKB1, NLRC4, NLRP1, NLRP12, NLRP3, NOD2, OAS1, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CG, PLCG1, PLCG2, POMP, PRF1, PSMA3, PSMB10, PSMB4, PSMB8, PSMB9, PSMG2, PSTPIP1, RAB27A, RC3H1, RELA, RIPK1, SLC7A7, SOCS1, STAT1, STAT2, STAT4, STAT6, STING1, STX11, STXBP2, SYK, TLR8, TNFAIP3, TNFRSF1A, TREX1, UBA1, UNC13D, XIAP

Dodatni genski setovi dostupni su u okviru panela za poremećaje imunološkog sistema i hematološke bolesti. Ukupno DIG obogaćivanje obuhvata 337 gena — kontaktirajte nas ako vas zanima individualni odabir gena.

Obogaćivanje kodirajućih regija i susjednih intronskih regija izvodi se tehnologijom hibridizacije u rastvoru (in-solution). Odabir ciljanih regija i dizajn sondi za obogaćivanje rade se u vlastitoj laboratoriji. Sekvenciranje visoke propusnosti izvodi se na Illumina platformama, a bioinformatička obrada podataka na vlastitom računarskom klasteru. Nakon obrade podataka, tim naučnika i specijalista humane genetike analizira podatke i izdaje medicinski nalaz.

1. Savjetovanje i odabir testa

Zajedno određujemo optimalnu dijagnostičku strategiju za svakog pacijenta.

2. Uzimanje i otprema uzorka

Uzorak se uzima i sigurno otprema u laboratoriju.

3. Analiza uzorka

DIG obogaćivanje, dubinsko sekvenciranje i bioinformatička analiza.

4. Medicinski nalaz i savjetovanje

Izdavanje jasnog medicinskog nalaza i savjetovanje o rezultatima.

• 1–2 ml EDTA krvi (preporučeni tip uzorka)
• Genomska DNK (1–2 µg)
• DBS kartice, bris obraza ili slina također su mogući

Šta je somatski mozaicizam?

Somatski mozaicizam znači da varijanta nije prisutna u svim ćelijama tijela, već samo u dijelu njih. U imunološkim bolestima takve varijante mogu biti prisutne u krvi s frekvencijom od samo nekoliko procenata, ali i dalje mogu biti uzrok bolesti.

Kada je DIG bolji izbor od egzomske dijagnostike?

DIG preporučujemo kao analizu drugog reda — kada egzomska ili panel dijagnostika nije dala objašnjenje, a klinička slika ukazuje na imunodeficijenciju ili imunološku disregulaciju u kojoj se sumnja na mozaičnu varijantu.

Koja je granica detekcije?

Pokrivenost od približno 750–1000 čitanja po bazi omogućava detekciju mozaičnih varijanti prisutnih u ≥5 % sekvenciranih čitanja, a u poznatim hotspot regijama i od ≥2 %.

Koliko traje analiza?

Nalaz je tipično dostupan 3–4 sedmice nakon prijema uzorka u laboratoriji.

Koji uzorak je potreban?

Preporučuje se 1–2 ml EDTA krvi. Moguća je i genomska DNK (1–2 µg), DBS kartica, bris obraza ili slina. Kontaktirajte nas za pomoć u odabiru optimalnog uzorka.